SAMBAMBA http://lomereiter.github.io/sambamba/ 一、安装 (支持mac OS/linux 64位)...
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往期教程 「群体遗传学实战」第一课: 对SNP位点进行注释 「群体遗传学实战」第二课: 画出和文章几乎一样的PCA图 SNP位点过滤 SNP过滤...
LUMPY是一款基于概率框架检测结构变异(structure variants)的软件, 它根据read-pair, split-read, r...
分子层面对生物的研究，在个体水平上主要是看单个基因的变化以及全转录本的变化（RNA-seq）；在对个体的研究的基础上，开始了群体水平的研究。如果...
IntAssoplot包可以将GWAS结果和LD， 基因结构图整合在一起画出。介绍来自：https://github.com/whweve/In...
前面已经简单介绍过GWAS的概念，GWAS分析中所用到的文件以及分析流程，我们在GWAS分析结果文件中经常会看到beta值和P值，他们分别代表什...
当我们进行群体分析时，获得vcf文件后，可以根据变异位点对这些样本进行PCA分析，现简单介绍 1、软件安装 2、简单操作 本次使用train.v...
欢迎来到"bio生物信息"的世界 之前的推文GWAS: 曼哈顿图，QQ plot 图，膨胀系数（ manhattan、Genomic Infla...
GWAS找到显著信号位点后，需要解释显著信号位点如何影响表型。常见的一个解释方法是共定位分析。 主流的共定位分析包括： 1）GWAS和eQTL共...
最近需要画LD block,之前一直用haploview软件画，haploview软件毛病比较多，比如不能有多态位点，输入的变异位点不能太多等。...
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