1. 通过varscan2探测somatic和germline的突变 对于有normal-tumor的配对样本，varscan通过比较norma...
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不同的结构变异（structural variation，SV）鉴定工具鉴定出的VCF结果文件格式不尽相同，但也不是完全没有规律可循，主要的格式...
组学工具合集 整理了一些目前知道的与组学相关的工具，可能不全面，欢迎补充 基因组学 一代组装 Celera Assembler: 最具代表性的工...
1.SPAdes的使用目的 当前版本的SPAdes与Illumina或IonTorrent读取一起使用，并且能够使用PacBio，Oxford ...
GATK现在最新的稳定版已经到了3.8，测试版是4.0。3.8版和之前的版本还是有比较大的不同的，但核心算法与4.0的差异不大，4.0主要整...
本文转载自 ： http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/254 Freebayes身为众多call...
GATK升级4.0版了，作为一个call variant的非常常用的软件，之前我一直是在使用3.8的版本，这次也正好整理下，将GATK基本分析流...
关于为何要进行SNP的过滤： 第一，低质量和无信息的SNP会影响后续群体结构或GWAS的分析结果，甚至影响后续对生物学问题的解释；第二，群体研究...
继续上一节课教程的下半节，继续介绍一些其他过滤SNP的工具，欢迎大家跟着学习。 从现在开始，过滤步骤假定vcf文件是由FreeBayes生成的。...
http://samtools.github.io/bcftools/bcftools.html https://www.biostars.or...
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