目标 通过varscan等找到somatic mutations之后，想看多个样本的突变之间的交集。bcftools是用来处理vcf文件，可以进...
投稿
收录了29篇文章 · 16人关注
目标 通过varscan等找到somatic mutations之后，想看多个样本的突变之间的交集。bcftools是用来处理vcf文件，可以进...
Synteny and Rearrangement Identifier (Syri), 鉴定基因组间SV。以全基因组比对结果作为输入，可识别不...
要查找两个vcf文件的不同位点，使用vcftools的 --diff语句。但是遇到一个问题，有两个文件不同时存在的chr，需要找出。 本来想直接...
目录 前言[//www.greatytc.com/p/729673778e43] 方法简介[https://www.jianshu.c...
vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具，其中很多过滤及计算功能我们可以自己使用perl或者python编写脚...
背景介绍 随着癌症基因组学的进步，突变注释格式（MAF）被广泛接受并用于存储检测到的体细胞变体。 癌症基因组图谱项目对30多种不同的癌症进行了测...
https://github.com/mmatschiner/tutorials 在github上看到一个关于phylogenetic and ...
基本概念 Fst：群体间遗传分化指数，是种群分化和遗传距离的一种衡量方法，分化指数越大，差异越大。适用于亚群体间多样性的比较。用于衡量种群分化程...
概念 PCA（principal components analysis）即主成分分析。主成分分析也称主分量分析，旨在利用降维的思想，把多指标转...
绘制进化树的方法有很多，入门的MEGA，iTOL，evolview等，但是没有一个如ggtree这般高效简单，轻轻松松绘制高端进化树，废话不多说...
专题公告
作图
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1952938/crop1621348265621.jpg', '推荐专题《重测序下游分析》（ 分享自 @简书 ）','//www.greatytc.com/c/6c23b0759366?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','页面编码gb2312|utf-8默认gb2312'));){kind=link}