群体进化-gwas分析 群体进化基础分析 PCA 分析原理PCA(Principal Component Analysis)，即主成分分...
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群体进化-gwas分析 群体进化基础分析 PCA 分析原理PCA(Principal Component Analysis)，即主成分分...
基因序列中的密码子随着时间的推移以几乎恒定的比例进行替换，具有恒定的演化速率，因此两个物种时间的遗传距离与物种分歧时间成正比。 本文就利用mcm...
1.什么是支持度？ 我们对进化树可信度的估计本身就是一个难题，因为我们没有“已知”祖先序列和系统发育的例子。有几种方法通常用于估计我们对推断的树...
一、NCBI Taxonomy 数据文件 NCBI Taxonomy数据库将所有生物的分类学关系组织为一棵“有根树”（rooted tree）,...
基因流（也称基因迁移）是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗传物质，从而改变群体“基因库”的组成。通过基因交流向群体中引入新的等位基因，...
导读 本文将介绍三种使用VCF文件，构建系统发育树的方法，包括程序的安装，使用，已及系统发育树的可视化与美化。 1. VCF2Dis VCF2D...
看到一个可进行物种分歧时间估计的方法，是PAML中的一个子程序mcmctree。在此记录。 标题：PAML 4: phylogenetic an...
系统发育树是研究物种进化历史必不可少的信息，我们可以利用它得到一些重要历史线索，如： 生物多样性（物种形成或灭绝）； 物种性状进化与多样化（Ch...
横向——覆盖度（coverage） 所谓覆盖度，也可以理解成“有多少基因组区域被覆盖”，一般是一个百分比。比如我们的bam文件在chr1的覆盖度...
第一次体会到文献鸟的好处，给我推送了一篇bioinformatics的文章https://doi.org/10.1093/bib/bbab538...
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