hisat2+stringtie for ((i=2064449;i<2064457;i++)); do hisat2 -p 2 --dta -...
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hisat2+stringtie for ((i=2064449;i<2064457;i++)); do hisat2 -p 2 --dta -...
背景 feature 定义：基因组上对具有不同性质区域的定义 (例如：gene/exon/intron/miRNA等)。 优点：利于分类整理结果...
1.首先安装eggnog-mapper软件 注释所需要的物种数据库网址如下，同时也可以用里面的脚本download_eggnog_data.py...
可以使用samtools fastq命令从bam文件中提取特定的fastq序列。使用帮助 Flags对应的意义如下：BAM比对文件中flags对...
在RNA-seq分析中，有一个步骤是将比对好的片段(alignments)重新组装(assembly)成全长转录本(full-length tr...
tags： HISAT2 RNA-seq HISAT2 发表的文章中强调了它的速度很快，我就测试了一下这个工具。 HISAT2 建立索引： 然而...
salmon quant 有两种类型一种使用raw reads 另一种用已经比对好的序列（BAM/SAM格式），这种算法依赖于salmon qu...
1hisat2 1.1介绍 • 总体上来说HISAT利用了BWA和Bowtie的算法，同时解决了mRNA中不存在内含子难以比对的问题，比对上代主...
在对拼装或者数据库下载的序列文件进行下一步分析时，我们通常会对序列进行去冗余操作，其中经常需要提取同一个‘gene’的最长转录本，所以动手用py...
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