利用orthofinder分析基因家族后,可以获得genetree和speciestree 结果。我们可以利用R包来可视化基因树和物种数,并对其...
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在常规的基因组分析中,当我们对某一物种的基因组进行从头组装与注释获得其的基本信息后,通常会想知道该物种与一些其他近源物种之间的进化关系,此时就需...
Tips:orthofinder 提供了dendroblast 或 msa的方式去构建基因家族树,可以使用-M开启-M msa -A muscl...
description astral是基于java开发的根据一组无根的genetrees建立speciestree。 tutorial step...
最近Orthofinder2开始陆续更新,文章已经投发到biorkix上,在网上搜了一圈,关于Orthofinder的使用的中文教程几乎是空白的...
以下参照 hoptop的「基因组学」使用OrthoFinder进行直系同源基因分析这篇帖子试跑了一遍 1.软件安装 2.数据准备 下载「基因组学...
环境准备 安装软件: 参考「基因组学」使用OrthoFinder进行直系同源基因分析 安装OrthoFinder,然后再安装CAFE 数据准备...
比较基因组学 简单介绍一下比较基因组学,Comparative genomics是基于基因组图谱和测序技术,对已知的基因特征和基因组结构进行比较...
谈论到直系同源基因分析的时候,大部分教程都是介绍OrthoMCL,这是2003年发表的一个工具,目前的引用次数已经达到了3000多,但这个软件似...
提到寻找物种之间的同源基因,大家一般想到的是OrthoMCL (http://orthomcl.org/orthomcl/) ,OrthoMCL...