基因组分析 - 文集

今天介绍一个转录因子相关的数据库KnockTF，它提供了大量将转录因子（TF）敲出/低的人类表达谱数据集，以及转录因子的其他注释信息，包括靶基因...

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LINCS(The Library of Integrated Network-Based Cellular Signatures)是NIH旗下...

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我们之前已经介绍过如何《使用xcell根据表达谱推断样本组成细胞的类型》，具体思路就是根据已知细胞系的表达谱，计算每种类型细胞的特征基因表达，然...

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WGCNA分析基于两个假设：1.相似表达模式的基因可能存在共调控、功能相关或处于同一通路，2.基因网络符合无尺度分布。基于这两点，可以将基因网络...

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之前介绍过如何批量爬取NCBI中基因详细信息，今天介绍爬取DailyMed指定药物的数据。点击查看：R语言批量爬取NCBI基因注释数据根据指...

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本期介绍一个控制热图颜色范围并规定指定值颜色的小技巧。使用的是R语言的pheatmap包，先生成随机数据： data1如下：查看数据范围： ...

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不管从哪个角度看我们都希望测序仪产出的数据中duplicate 率尽量低。怎样降低 duplicate 率？构建文库时，核酸提取质量要好，起始...

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肿瘤之间和肿瘤内的遗传异质性是决定癌症进展和治疗反应的主要因素，同一患者个体身上的同一部位肿瘤内存在的明显差异。单核苷酸突变（SNV）和DNA拷...

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理解SNPs之间的联系或连锁不平衡（LD）模式对于单体型的选择具有重要作用，然而，对于密集的SNP图谱，随着区域内SNPs数量的增加，很难直接从...

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