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HUMAnN2是由Huttenhower组发布的，基于全基因组测序数据用于计算基因丰度的软件。本节我们要用其对PICRUSt产生KEGG gen...
16S扩增子测序是对细菌中具有代表性的序列进行测序，相比宏基因组测序，16S扩增子测序无法提供基因功能信息，只能给出菌群丰度信息。但是PICRU...
今天我们要来介绍在16S分析中经常用到的另一个在线分析工具LEfSe。该工具是由Huttenhower小组开发的，用于通过相对丰度来发现2个或更...
在之前我们已经介绍了Alpha、Beta、物种分类、差异性等一系列的分析，本节我们要介绍一个命令，打包了之前所有的分析内容。 core_dive...
机器学习是一种目前流行且使用的生物信息分析方法。本节我们将基于菌群的丰度利用机器学习的方法建立分类器，对样本进行分类。 在运行命令之前，建议使用...
你的metadata和你的菌群之间是否有关系呢？这一定会很多人关心的问题。本节我们就来讨论如何探究菌群组成和metadata中指标之间的相关性。...
本节就要进入更为关键的分析流程了——菌群组成的分析。进行16S测序的目的就是为了研究不同样本间的菌群组成差异，本节我们将讲解如何用qiime1绘...
本节我们介绍Beta多样性的分析。 Beta多样性 分析微生物的Beta多样性可以直接使用Qiime1中的beta_diversity_thro...
本节我们将介绍Alpha多样性如何分析，具体包括三部分的内容：Alpha稀释曲线、计算比较Alpha多样性的差异、Mapping文件中添加Alp...
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