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1.ID转换 首先是要转换ID,拟南芥是要TAIR id来做富集分析。怎么知道的呢？ 如果拿ENTRIZID来做，会收到这样式的报错信息： 那我...
任务驱使，直接看代码不明白是在干嘛。所以找了基因课的WGCNA课程来看，链接：http://genek.tv/[http://genek.tv/...
1.背景知识 众所周知，limma可以做基因表达芯片和转录组数据的差异分析，可以方便的得处两组之间有表达量差别的基因。多分组差异分析其实也是两两...
基因表达芯片的数值范围是需要关注的信息。 可以从箱线图上面看出大部分的端倪。 特殊数据看过来 这个数据的范围是在0-4之间的。正常的log之后的...
[TOC] 0.背景知识 trans_array这个函数的作用是讲探针表达矩阵转换为基因表达矩阵。 因为探针和基因不是一一对应的关系，会存在多个...
0.介绍一下find_anno 我搞了一个函数，名叫find_anno，可以根据GPL平台编号给出探针注释的代码 第一种情况是有两个代码可以用 ...
1.下载GPL页面的表格文件 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL231...
0.数据预整理 这是从GEO数据库下载的数据，GSE199335。 整理数据的代码，尤其是分组信息和探针注释，因数据而异。 下面的代码主要自WG...
收到一个学生求助，得到空的表达矩阵，限于目前初学的状态，处理原始数据比较困难，但又急用，这不，我来帮忙咯。 1.初步探索 表达矩阵确实是空的，不...
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