本章节的主要内容是如何使用探索性数据分析（EDA）检测批次效应，使用的示例数据依旧是基因表达数据。 数据准备 从上图中我们可以看到，男性女性的区...

batch effect（批次效应） 在高通量研究中，常常被忽略的一个问题就是批次效应，简单的说，批次效应就是由实验条件、试剂批次和实验人员等等...

本文的题目是class prediction（分类预测），其实就是机器学习，这两个词可以互相替代着使用。而本章呢，其实就是对机器学习进行一个简单...

smoothing是一种很有力的数据分析手段，通常应用于评估分布特征未知但假定光滑的数据。一般的做法是先将具有相似期望值的数据点进行分组，然后计...

写在前面的话 emmmmm，得有小半个月没有写学习笔记了，最近真是多事之秋，先是我养的猫咪得了尿闭，后是我的姥爷去世，还有工资一直拖欠不发。这其...

在PCA相关的章节最后，系列教程的作者又专门写了一章“在R中运行PCA和SVD”，使用的还是tissuesGeneExpression包中的基因...

这一章，作者就是在数学原理方面又细讲了下主成分分析（PCA） 例子：双胞胎身高 作者首先使用双胞胎身高的例子来说明与PCA非常相似的降维与旋转是...

多维尺度分析（MDS） 在奇异值分解那一章节我们已将学过： 在此基础上，我们若假设的前两列的平方和远远大于其余列的平方和，换句话说若是对角线上的...

前面的章节学的是降维、奇异值分解以及主成分分析的大致内容，本篇文章则开始更加详细的介绍这背后的数学原理，首先要学的就是投影（projection...