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生物信息方法流程
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    FASTQC-遇到的java.lang.NullPointerException: Cannot load from short array because "sun.awt.FontConfi...

    问题最初产生于conda安装了java-jdk和fastqc后，fastqc仍然无法使用，用java --version确认之后发现java的V...

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    GEO数据上传

    1、创建账号将数据上传到GEO[https://www.plob.org/tag/geo]数据库，首先要创建并登陆NCBI帐号， 然后进入提交的...

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  • bigwig转bed文件

    bigwig转bed文件首先需要将bigwig转为wig文件 利用BEDOPS的 wig2bed]将wig文件转 bed文件 参考：https:...

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  • scHCL || 鉴定人的单细胞数据细胞类型

    以自己的seurat对象的分群来鉴定细胞类群 参考：https://github.com/ggjlab/scHCL[https://github...

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  • 对10X单细胞reads进行随机抽样

    此功能使用样本中的信息通过指定的道具对每个分子的读数进行下采样。然后，它基于具有非零读取计数的分子构造一个UMI计数矩阵。目的是消除技术噪声中的...

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    cellranger拆分BCL数据

    cellranger mkfastq Illumina测序下机后的数据为 原始数据（raw base call ）BCL文件，拿到BCL文件之后...

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  • 蛋白ID转基因ID

    将Ensembl 中的蛋白ID转化成基因ID,可以通过clusterProfiler这个包。如以大鼠的基因与蛋白转化为例;安装clusterPr...

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    URD包分析单细胞数据

    因为没有找到提供的测试数据集，就用之前用seurat分析过的不同时期的心脏单细胞数据跑一边吧。E9.5_P21.combined@assays$...

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    clustree为聚类可视化

    在单细胞的研究中，经常需要做的就是聚类。在聚类的时候，对于聚出多少个cluster，一个相关的参数是resolution，当数值小的时候，clu...

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