RNA转录组分析 - 文集

RNA转录组分析

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2021-04-24 分析Reads比对基因组后5和3端的序列情况
目的：为了分析基因转录后5‘端和3’端的修饰或添加序列的情况。采用的斑马鱼线粒体基因组为标准序列将去掉接头的序列文件fq.gz 变为fasta...

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2021-03-30 2021-03-30 线粒体tRNA fragments 分析
下载Sra数据下载完成后，会在你的工作主目录下生成一个ncbi的文件夹。 cd ncbi/public/sra 首先进入 ncbi/publi...

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2021-03-30 SRA数据下载，计算不同长度片段的counts数量
1. 下载Sra数据下载完成后，会在你的工作主目录下生成一个ncbi的文件夹。 cd ncbi/public/sra 首先进入 ncbi/pu...

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2021-03-11 测序线性化深度图
有关步骤可以参考之前的2020-04-23 绘制Circos图之二测序深度//www.greatytc.com/p/ce76f043...

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2021-03-04 FPKM计算
读取read counts数据载入GTF文件 (和之前的前期处理的gtf文件要一致) 读取注释文件基因的长度--------------...

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20200412 转录组分析--斑马鱼线粒体（二）
#FeatureCounts for ele in {MT1,MT2,MT3,WT1,WT2,WT3}; do featureCounts -p...

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2021-02-19 转录组分析---斑马鱼线粒体(一)
1. 斑马鱼基因组文件文件下载 ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-97/fasta/danio_rerio/d...

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