物种间的共线性 数据准备 种间共线性分析仍然使用 mcscanx 软件，这里用拟南芥和苦荞之间的共线性分析举例。需要准备的是两物种的蛋白质序列和...

mapchart 是一款 windows 系统软件，可以用来绘制基因在染色体上的位置信息。本节将生成 mapchart 的配置文件，用来作图。 ...

MCscanX 软件用来做植物基因的共线性分析, 也可以做复制基因的分类分析，查看基因家族成员是否由 segmental 复制产生。 准备MCs...

本节讲解如何进行顺式作用元件预测。一般提取基因上游 1000-2000bp 序列作为 promoter 区域，用于进行顺式作用原件预测。 大家可...

本节介绍一款在线绘制基因结构的工具Gene Structure Dispaly Server（GSDS），简单好用功能强大。将基因家族成员 gf...

本节讲解如何进行 motif 预测，seqlogo 和motif位置展示。 motif预测 motif 预测使用 meme 软件进行预测，有在线...

基因家族树构建最常用的方法是 NJ 法和 ML 方法，构建进化树之前，需要进行多序列比对。 多序列比对 多序列比对的作用是将核酸或者氨基酸序列对...

基因家族成员鉴定的主要方法为序列相似性比对和功能结构域预测。以苦荞的MAPK基因家族的鉴定为例。 苦荞基因组数据处理 下载并解压后需要使用文件如...

基因组数据的准备 进行全基因水平的基因家族鉴定之前，需要准备好一套基因组数据，基因组数据可以从公共数据库下载，也可以根据基因组文献提供的地址到指...