写在前面
前述，介绍了使用 GetOrganelle 软件进行植物叶绿体基因组组装。测试了下软件，130个样品，直接成环的有76个。手动调整了参数，除了 10 个左右的样品外，其他样品都成环了。至于如何解决不成环的.... 怀疑还是要手拼，回头折腾一下再来记录。
既然绝大多数叶绿体基因组都组装出来了，那么下一步肯定是基因结构注释。我们往往关注的并不是基因组序列本身有什么变化，而是编码基因有什么变化，因为后者，常常直接对应了具体生物学功能。
大概搜索了下，做叶绿体基因组注释的软件有不少，似乎用得挺多的是一个 PGA 的软件。然而....在安装上一直遇到问题，git clone一直失败。或许即使安装上了，也不清楚是否可以解决所有依赖。时间紧迫，索性找了一个网页版软件，CPGAVAS2。
CPGAVAS2 的使用
直接 Bing 搜索，或者输入网址，即可查看
http://www.herbalgenomics.org/cpgavas/
具体网站，可以看到，相对简洁（或者说，确实看起来网页有点简单，值得再美化）。
当然，这不影响我们使用。
按照页面要求，填入参数
进入注释页面
需要注意的是，似乎这个网页工具不会自动刷新，需要自己操作。另外似乎我也收不到邮件。好在不需要20分钟，我感觉20秒就注释完了（翻车，昨晚是很快，现在不行了）。
自己复制链接和ID，进入页面，提交ID
提交之后发现似乎还是 Running，那就等 20 min 再回来提交一次。
可以一次性下载所有结果
查看所有注释结果
其中
.gff 文件为 gff3 格式注释信息，而.gbf则为genBank格式。
写在最后
网页工具，可能最大的好处就是....几乎不存在配置问题。当然不好的地方，以前也提过几次，此处不再赘述。
CPGAVAS2 这个网站服务器还是很不错。就功能性来说，已经可以了。如果说还可以继续优化，或许是在网页和可视化上。当然整体上我们可以看出来，基本是一个静态网站，搞点动态的，则相信会有更好的用户体验。
Anyway，解决了我的问题，那么必然是好工具嘛。
