学习Linux环境下安装软件
教程提纲：
安装bzip2
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安装软件之前检查是否已安装bzip2
检查有无安装bzip2.jpg
输入bzip2，出现图中结果（command not found），说明服务器中未安装bzip2。
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安装bzip2
输入命令yum install -y bzip2，进行安装。
检查bzip2已安装完成.jpg
安装miniconda
miniconda=conda+python+base packages
miniconda用于生信领域，用于下载生信相关软件，相当于app store。
安装过程：
- 百度搜索“miniconda”，进入官网
- 根据自己电脑选择64-bit版本
- 安装python 3.7对应的Linux下的版本
- 右键，复制快捷方式：https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
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登陆服务器，进入biosoft目录，输入命令：wget 上面的网址
按Enter运行，显示下图内容，说明成功下载脚本。
成功下载脚本.jpg - 输入命令：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh（bash命令用于运行安装脚本）
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一路"Enter"加"yes"，成功安装miniconda3。
miniconda3安装完成.jpg -
激活miniconda
激活miniconda.jpg -
输入命令：conda，验证是否安装成功。
miniconda安装成功.jpg
添加镜像（清华源）
命令行输入以下代码：
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
使用conda
查看conda中所有软件列表
搜索软件（如：fastqc）
安装软件
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自动安装
命令： conda install fastqc -y
安装软件.jpg -
手动安装
命令： conda install fastqc（中间过程需输入yes）
手动安装过程.jpg -
安装指定版本软件
命令：conda install fastqc=0.11.7 -y
安装指定版本软件.jpg
卸载软件
命令： conda remove fastqc -y
conda 环境
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查看当前conda环境（带*为默认环境）
命令：conda info --envs
conda环境.jpg -
创建新的conda环境，并激活（例：rnaseq）
命令：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y（创建新环境，并指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic）
创建新环境.jpg
激活新环境（新环境成为默认环境）
命令：conda activate rna-seq
激活新环境.jpg - 卸载指定环境的软件
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卸载某一个软件
命令：conda remove -n rna-seq fastqc -y
卸载环境中的某一软件.jpg -
卸载全部软件（即卸载环境）
先退出当前环境，再卸载。
退出环境命令：conda deactivate
卸载环境命令：conda remove -n rna-seq --all
卸载环境.jpg
