启动子:RNA聚合酶特异性识别和结合的DNA序列。promoter自然不属于intron和Exon的任何一个,属于noncodingsequence。
(1)启动子位于转录起始位点TSS上游,没有明确的长度范围,但是有几个保守序列:启动子是RNA 聚合酶识别、结合和开始转录的一段DNA 序列,它含有RNA 聚合酶特异性结合和转录起始所需的保守序列,多数位于结构基因转录起始点的上游,启动子本身不被转录。但有一些启动子(如tRNA启动子)位于转录起始点的下游,这些DNA序列可以被转录。启动子一般位于转录起始位点的上游。
(2)启动子区中的保守序列:在真核生物基因中,①Hogness等先在珠蛋白基因中发现了类似Pribrow区的Hogness区(Hogness box),这是位于转录起始点上游 -25 ~~ -30 bp 处的共同序列似TAAA,也称为TATA区。②另外,在起始位点上游 -70 ~~ -78 bp 处还育另一段共同序列CCAAT,这是与原核生物中-35bp区相对应的序列.称为CAAT区(CAAT box)。
noncoding RNA是现在研究的热点之一。我们常见的MiRNA,SiRNA,antisense RNA tech,这些都是属于ncRNA的范围。只要你在进一步问下:这些RNA是哪里来的?你就知道部分答案,跟那些看似跟编码蛋白没有关系的DNA序列有关系。这部分DNA有个统称就junk DNA,垃圾DNA或者冗余DNA,他们编码的RNA就属于 ncRNA.RNAi就是迄今最经典的ncRNA功能典范。
An exon is asequence of DNA that is expressed (transcribed) into RNA and then often, butwith many noteworthy exceptions[1] , translated into protein. Adjacent exons maybe separated by an intron, which is later removed from the RNAtranscript via the splicing mechanism. (From Wikipedia)
UTR(UntranslatedRegions)即非翻译区,是信使RNA(mRNA)分子两端的非编码片段。
5-UTR从mRNA起点的甲基化鸟嘌呤核苷酸帽延伸至AUG起始密码子,3-UTR从编码区末端的终止密码子延伸至多聚A尾巴(Poly-A)的末端。
转录(Transcription)是遗传信息从DNA到RNA的转移。即以双链DNA中的一条链为模板,以ATP、CTP、GTP和UTP4种核苷三磷酸为原料,在RNA聚合酶催化下合成RNA的过程。
常见问题:
问:Promoter在DNA序列中是算内含子还是外显子?
答:都不是。属于noncoding sequence。
问:UTR在DNA序列中是算内含子还是外显子?
答:外显子。
问:起始密码子ATG在gene的哪个位置?
答:外显子内,CDS以ATG开始。
问:每个基因之间都有一定的间隔序列,这些基因间的间隔序列应该不属于内含子吧?
答:是的。属于noncoding sequence。
问:如何寻找启动子区域和预测转录因子结合位点?