R更新后无法安装bioconductor

上周用回了旧电脑,然后更新了R到4.0.5

昨天做富集分析时要用bioconductor的包,发现需要更新3.9到3.11

可是安装时总是提示

ErrorinreadRDS(dest):error reading from connection

于是我换了全球各种镜像。。。四五个下来都不能用

然后在网上搜遍了各种方法都没用。

无奈之下暂时手动下载安装了几个眼前要用的包,可是不是长久之计。


可能可以用devtools包,从github下载

尝试:

install.packages("devtools")

devtools::install_github("Bioconductor/BiocManager", ref="ghost-binary-repo")

重启R

OK


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分割线



今天又换了个电脑,又遇到了不能安装bioconductor, limma,尝试了上述方法不能用:


> library(limma)                  

Error in library(limma) : there is no package called ‘limma’

> devtools::install_github("Bioconductor/BiocManager", ref="ghost-binary-repo")

Error in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) : 

  there is no package called ‘fs’


查了一下安装包路径,发现可恶的onedrive自动备份了,

解决方法:把第一个路径取消,只用单一的路径,安装成功。


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