非肿瘤生信不好发?非肿瘤生信机器学习与实验验证不会结合?这些都不是问题,现在我们手把手分享一下非肿瘤生信机器学习+实验验证的思路,具体分析步骤如下:
分析流程
第一步,差异分析
第二步,GO、KEGG富集分析
第三步,lasso回归分析
第四步,SVM-RFE分析(支持向量机递归特征消除)
第五步,取lasso回归分析与SVM-RFE分析的交集
第六步,对机器学习选出的关键基因绘制箱线图
第七步,对机器学习选出的关键基因绘制ROC曲线
第八步,关键基因与免疫细胞的相关性分析
第九步,实验验证
第一步,差异分析
第二步,GO、KEGG富集分析
第三步,lasso回归分析
第四步,SVM-RFE分析(支持向量机递归特征消除)
第五步,取lasso回归分析与SVM-RFE分析的交集
第六步,对机器学习选出的关键基因绘制箱线图
第七步,对机器学习选出的关键基因绘制ROC曲线
第八步,关键基因与免疫细胞的相关性分析
第九步,实验验证
根据自己的实际条件进行验证,最简单的就是用PCR验证表达量…如果经费比较充足的话,还可以补功能实验,甚至是探索作用机制...
现在纯生信的大势已去,生信+实验已经成为大趋势,这种生信分析+实验验证的思路赶紧学习起来。