2. Input file

2.1 Population Q-matrix file

第一列为种群id , 这k列分别为k个structure划分的cluster的membership coefficients，最后一列为种群的大小

Population Q-matrix file

2.2 Individual Q-matrix file

需要 NUMINDS is the number of individuals and PRINT INDIVS is set to 1,即根据 Individual的情况画图。Column 2 gives a code number for the individual. Column 4 gives the code number for thepopulationto which the individual belongs. Columns 1, 3, and 5 are ignored. Columns 6 to K + 5 show membership coefficients for clusters 1, 2, ..., K。会根据输入文件中个体的顺序画图，并根据种群分组。

Individual Q-matrix file

2.3 Labels below the figure

需设置 PRINT LABEL BELOW to 1 及 INFILE LABEL BELOW文件（第一列为population code，第二列为种群名称），默认打印种群id作为label. 种群顺序跟 INFILE LABEL BELOW文件保持一致。

2.4 Labels atop the figure

与上条目一致

2.5 Vertical cluster order and cluster colors

设置图形中的颜色选用，颜色很多。INFILE CLUST PERM指定k个颜色，无指定则默认使用颜色表顺序颜色。GRAYSCALE 设置为1 使用灰度颜色（黑白）。

image.png

3 Usage options

程序与需要使用的文件在同一个目录。drawparams里的参数以#define开头，#应该不是注释作用。//后的内容是注释内容，对参数的顺序不敏感

3.1 Data settings and main options

INFILE POPQ: 种群矩阵
INFILE INDIVQ:个体矩阵
INFILE LABEL ATOP：图上边的lable
INFILE LABEL BELOW:图下边的label
INFILE CLUST PERM：图形颜色
PRINT INDIVS： 1 plot 个体。0 plot 群体
PRINT SEP：不同种群间有黑色线条

3.2 Figure appearance and additional options

BOXHEIGHT ：单个个体图形中的高度
ORIENTATION：设置图形方向
PRINT INFILE NAME：print INFILE POPQ 文件到图形

看完手册还是不清楚怎么在图形上显示个体名称

由于below top的lable都是打印的pop lable。所以设定一个个体一个群体，然后d打印lable,即将INFILE_INDIVQ 转换为INFILE_POPQ。但是这样事按顺序得到的图形，不能根据比例来排序，即属于相同一个在一起k

显示个体lable

而期望的图形为，还需要显示一个标尺

期望结果

或许需要对数据进行排序。

drawparams 参数

（1）define PRINT_INDIVS

define PRINT_INDIVS 0 时，只画population Q-matrix，种群视为一个整体样本

define PRINT_INDIVS 0

define PRINT_INDIVS 1 时，画Individual Q-matrix，可看到每个个体样本的情况，

define PRINT_INDIVS 1