circos 可视化手册-links 篇

highlights用于展示基因组上特定的区域的分布,通常情况下,还需要展示不同区域之间的关联,比如融合基因,CNV等信息,这样的信息就通过links 这个block 进行展示。

links 用于描述两个区间之间的关系,其用法和highlights类似, 示例如下

所有的link都包含在 links中,在links下定义的属性是全局的属性,每个link会继承全局属性,  也可以重新定义,覆盖掉全局的属性。

file参数定义了用于展示的数据信息,有两种定义方式

1. 一行定义一对

文件共有6列,使用空格分隔;每一行表示一对有联系的区域,前3列和后3列分别定义一个区域

2. 两行定义一对

区间的定义和第一种格式类似,都是染色体,起始和终止位置;唯一不同的是在第一列增加了links ID, links ID 是唯一的,每两行代表一对有联系的区域

links的基本展示形式如下:

通过一段曲线将两个区域连接起来,可以看到,所有曲线的最外围位于同一个圆上。

radius 定义最外围的圆的半径,控制links 区域的大小, 用法如下 radius = 0.4r;

color 定义了连线的颜色, 用法如下 color = black;

thickness 定义了连线的粗细程度,用法如下 thickness = 1;

z 定义了link的优先级,当连线重叠时,优先级越高的越先显示;

links中,外观上最需要调整的是曲线的弯曲程度,有3个参数控制曲线的弯曲程度:

  1. bezier_radius

  2. crest

  3. bezier_radius_purity

曲线采用了贝塞尔曲线的方式来构造, bezier_radius 定义了贝塞尔曲线的控制点的位置, 不设置这个参数时,连线是一条直线, 示意图如下:


crestbezier_radius的基础上新增了两个控制点,示意图如

bezier_radius_purity控制有效的bezier_radius,示意图如下

除了上述的曲线外,links还提供了ribbon的展示形式,用法如下

生成的效果图:

ribbon的展示形式中,color 指定填充色,stroke_color指定边框的颜色,stroke_thickness 指定边框的粗细。

以上就是links的基本参数和使用方法。在links中还可以结合rules, 更加灵活的展示数据,在后续的文章中在详细介绍

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