1946年4月，靖国神社接到盟总的新通告，禁止天皇参拜靖国神社。接着，在中国、苏联等国的强烈要求下，美军用水泥将靖国神社内纪念日军侵略战争的13米高的大石灯笼抹平，但神社中供奉的战争亡灵的灵位并没有撤除。
随着1952年美军占领时代的结束，各种祭拜靖国神社的活动相继“死灰复燃”。靖国神社摇身一变成为少数右翼势力为军国主义招魂、为侵略战争翻案的政治舞台。
至于当年美军为何没有烧毁靖国神社，有人说是罗马天主教教廷驻日代表劝阻了麦克阿瑟，然而仅靠一人之力就能保住靖国神社么?
几十年后，盟总的一份名为“关于靖国神社的将来的见解”的解密文件指出了没有废止靖国神社的理由一美国人担心这不利于美国对日本的占领。正如时任盟总宗教科科长的巴斯后来在接受日本 NHK电视台采访时回忆说:“继续制裁日本，不是我们的愿望，那时的日本，正按照我们的期望在行动。”随着冷战的激化，美国大幅度改变了占领政策，不但停止清算日本的战争罪行，而且打算将日本建造成“共产主义的防波堤”
