1 比对的是：相似菌参考基因和使用seqtk随机抽取出来的转录组数据。
2 bowtie2做index
1）使用方法： bowtie2-build<要生成的索引文件前缀名>；
比如：path/bowtie2-build genome.fabowtie2 index/genome
2）参数说明：genome.fa是fasta文件；
genome是要生成的索引文件的前缀名；
bowtie2index是一个文件夹，用来存放索引文件，方便日后查看和使用；
注意：程序运行完后genome.fa文件要放在bowtie2 index索引目录中，tophat2软件才能正确运行。
3 reads mapping到参考基因组——tophat2软件：基于bowtie2
1）用法：
命令行：tophat2 -p 4 -G /home/andengdi/lyr/rna-seq/00-reference/genome.gff -o test_output /home/andengdi/lyr/rna-seq/00-reference/genome /home/andengdi/lyr/rna-seq/01-data/YSH-qurRNA-42-314-4_L001_R1.fastq /home/andengdi/lyr/rna-seq/01-data/YSH-qurRNA-42-314-4_L001_R2.fastq
2）参数说明：
-p ：指定线程数，默认为1
-G ：指定已有的基因组注释信息，gtf或gff文件；
-o ：指定输出目录，默认为”./tophat_out“；
后面加上索引文件：与前面的bowtie2建立的索引相对应，只取前缀名。
最后加上fastq文件：filename.fq；如果是双端测序则是filename_1.fq和filename_2.fq两个文件。
（ 细菌是没有junction的，但不排除可能出现错误; 将注释文件去掉跑流程。）
4 结果：
其中，需要查看各类说明去logs文件下：
比如：需要了解这个程序跑了多久，可以看
tophat.log
因为我使用seqtk随机取转录组的部分数据和细菌基因组比对的，所以耗费时间比较短，大概耗时8小时。
另外查看一下mapping率：
mapping到1.9%
这个测试数据还是可以的，下一步就是用cufflinks软件将这个这些基因merge起来。
