问题原因总结
缺少适用于 Mac M1 的 Fortran 编译器（gfortran）就会导致如下包错：
ld: library 'gfortran' not found
clang++: error: linker command failed with exit code 1
• 原因分析：
• chromVAR 包在安装过程中需要编译包含 Fortran 代码的部分。
• 系统中没有安装适用于 Apple Silicon (ARM64) 的 gfortran 编译器，导致链接器无法找到 gfortran 库文件。
• 链接器搜索路径 /opt/gfortran/lib 不存在，无法找到必要的库。
- 链接器搜索路径错误
• 链接器尝试在不存在的路径中搜索库文件：
ld: warning: search path '/opt/gfortran/lib' not found
• 这可能是因为系统环境中缺少正确的库路径设置，或者之前的编译器安装不完整。
解决方法总结
- 安装适用于 Mac M1 的 gfortran 编译器
• 步骤：
• 从 R for macOS 工具页面下载适用于 Apple Silicon 的 gfortran 安装包。
• 直接下载链接：gfortran-ARM-12.2-Monterey.pkg
• 安装该包，将 gfortran 编译器和相关库文件安装到 /opt/gfortran/ 目录。
- 确保系统正确识别 gfortran 库路径
• 验证库路径：
• 检查 /opt/gfortran/lib 目录是否存在并包含库文件。
• 设置环境变量（如有必要）：
• 在终端中添加库路径到 LIBRARY_PATH 和 LD_LIBRARY_PATH：
export LIBRARY_PATH="/opt/gfortran/lib:$LIBRARY_PATH"
export LD_LIBRARY_PATH="/opt/gfortran/lib:$LD_LIBRARY_PATH"
• 或者将上述命令添加到 ~/.bash_profile 或 ~/.zshrc 中。
- 重新安装关键的 R 包
• 重新安装 Rcpp 和 RcppArmadillo：
install.packages("Rcpp")
install.packages("RcppArmadillo")
• 这确保了这些包与新的编译器配置兼容。
- 再次安装 chromVAR
• 使用 BiocManager 安装：
BiocManager::install("chromVAR")
• 由于之前的问题已解决，安装过程应当顺利完成。
结论
• 主要问题：缺少适用于 Mac M1 (ARM64) 的 gfortran 编译器，导致在安装 chromVAR 包时，链接器无法找到必要的 Fortran 库。
• 解决方案：安装适用于 Apple Silicon 的 gfortran 编译器，确保链接器能够找到并使用正确的库文件。
