之所以称为三仁汤，是因为由杏仁、白蔻仁、薏苡仁作为君药，它源自《温病条辨》，是治疗温湿初起、湿热的常用方剂。
三仁汤主要针对身重疼痛、肢体倦怠、胸闷不饥、午后身热、苔白不渴等症状，常用于胃肠炎，可见，湿热与消化系统相关。
胃炎是最常见的消化道疾病之一，属于胃粘膜炎症，长期摄入刺激性食物、服用非甾体类抗炎药，均可引起胃粘膜受损，浅表性胃炎和萎缩性胃炎是其病理变化，而幽门螺杆菌是目前已知唯一能够突破胃粘膜屏障从而引起胃粘膜损伤的病原微生物。
螺杆菌分为胃螺杆菌和肠螺杆菌两大类，现已证实超过90%的十二指肠溃疡和80%左右的胃溃疡，都是由幽门螺杆菌感染导致，近年研究还发现，幽门螺杆菌还可能与口腔溃疡、肝炎、胆囊炎、冠心病、功能性消化不良等疾病有关。
从现代医学治疗消化性溃疡的手段来看，抑制胃酸分泌、修复胃黏膜、抗幽门螺杆菌是基本的思路。三仁汤中的杏仁可以抑制胃蛋白酶的活性、豆蔻仁具有抑制幽门螺杆菌活性的作用、薏苡仁可抑制应激性和盐酸性溃疡的形成，与现代医学治疗思路一致。
滑石、通草、竹叶作为三仁汤的臣药，分别具有保护胃肠黏膜、维持肠道菌群平衡、抑制大肠杆菌的作用；而作为佐药的半夏、厚朴，则具有降低胃液总酸度、显著抑制黏膜溃疡及广谱抗菌作用，共同构成了对胃肠炎的整体治疗系统。
综上所述，从对传统经典清热祛湿方剂三仁汤的中西医对比分析来看，作为消化系统主要器官的胃肠疾病，包含于中医所说的湿热类病症之中，而中医所说的清利湿热、宣畅气机，与现代医学对胃肠细菌查杀、黏膜修复、进而重构胃液平衡系统密切相关。
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