Nature发布迄今最大规模人类蛋白互作图谱

近日,Dana-Farber癌症研究所、哈佛大学医学院、多伦多大学等多家单位的研究人员共同完成迄今为止最大规模人类蛋白互作图谱:HuRI,此项研究已在《Nature》发表。

HuRI是Dana-Farber癌症研究所癌症系统生物学中心(CCSB)蛋白组研究项目的第三阶段,包含大约53000个蛋白互作信息,是以往研究规模的4倍,是一个将基因组变异与表型结果联系起来的系统的蛋白组学参考图谱。


为什么要绘制蛋白互作图谱?

人类参考基因组序列使我们能够在机体、组织、细胞类型和单细胞水平上对基因和表达变异进行系统研究。尽管在基因组、转录组和蛋白组方面取得了进展,但我们仍然对介导表型和组织或细胞类型变异的细胞机制知之甚少。蛋白互作在一定程度上能够解答这个问题。

就像人类参考基因组一样,需要通过研究基因及其产物(主要是蛋白质)如何相互作用,系统而全面地生成人类蛋白互作参考图谱,为在一般/特定细胞环境中对整个蛋白组的生物学机制进行研究提供支撑。


HuRI能做什么?

HuRI与基因组、转录组、蛋白组数据的整合使得细胞功能可以在大多数生理或病理细胞环境中被研究。研究人员证明了HuRI可鉴定特定亚细胞中蛋白相互作用。由此推断的组织-特异功能网络揭示了细胞环境-特异功能形成的一般原理,阐明了孟德尔疾病组织-特异功能表型的潜在分子机制。

HuRI基因间的互补功能关系。在观察到HuRI直接富集蛋白互作网络(PPIs)的基础上,还通过相似互作界面预测蛋白是否共享互作分子。


HuRI蛋白质组的无偏倚覆盖揭示了疾病相关基因的未知互作网络。


在HuRI中,具有不同亚细胞区室的蛋白质是均匀分布的。通过整合HuRI和现有的蛋白质定位数据,可以推断出许多不同细胞区室的细胞定位特异性PPI网络。作为验证实验,研究人员鉴定蛋白质进入细胞外囊泡的潜在受体。


揭示组织特异的蛋白互作网络和组织特异性疾病的机制。


研究数据

HuRI, Lit-BM和所有之前已发表的来自CCSB的人类蛋白互作图谱数据均可在如下链接获取:

>>>http://interactome-atlas.org

此项研究中PPI数据可通过IntAct数据库(https://www.ebi.ac.uk/intact/)访问,编号:IM-25472。

原始和分析后的蛋白组数据已存储在PRIDE数据库(https://www.ebi.ac.uk/pride/),编号:PXD012321。


首发公号:国家基因库大数据平台

参考文献

Luck, K., Kim, D., Lambourne, L. et al. A reference map of the human binary protein interactome. Nature (2020). 

图片来源:均来源于参考文献,如有侵权请联系删除。

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 216,163评论 6 498
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 92,301评论 3 392
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 162,089评论 0 352
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 58,093评论 1 292
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 67,110评论 6 388
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 51,079评论 1 295
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 40,005评论 3 417
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 38,840评论 0 273
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 45,278评论 1 310
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 37,497评论 2 332
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 39,667评论 1 348
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 35,394评论 5 343
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 40,980评论 3 325
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 31,628评论 0 21
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 32,796评论 1 268
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 47,649评论 2 368
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 44,548评论 2 352

推荐阅读更多精彩内容