软件报错汇总

1、安装maker

运行多线程时出现

conda把很多linux命令都自己做了，可按照官网安装相应的gcc（https://conda.io/docs/user-guide/tasks/build-packages/compiler-tools.html）进行下载安装即可

conda install gcc_linux-64

多线程运行出现如下报错

安装如下软件

conda install openmpi
# 如果之前装了mpi4py的话要卸载重装一遍。
conda install mpi4py

ERROR: Could not determine if DFam is installed==

添加路径

export LIBDIR=/ifs1/User/shehongbing/miniconda3/envs/maker/share/RepeatMasker/Libraries

2、Repeatamask

遇到一个报错
Error: The RMblast engine is not installed in RepeatMasker!</mark>

具体问题为：运行rmblastn的时候找到不libbz2.so.1.0。

参考该解答点击，是因为libbz2.so.1.0 的在linux上版本更新了，所以搜索引擎跟不上，因此需要将/data/pub/wuyudi/miniconda2/envs/repeatmask/lib 中焉有的libbz2.so.1.0 删除，链接过去一个新的libbz2.so.1.0；

具体找libbz2.so.1.0 如下所示

locate libbz2.so.

## 得到很多结果，我选取其中一个
ln -s /data/pub/wuyudi/miniconda2/envs/repeatmolder/lib/libbz2.so.1.0 ./libbz2.so.1.0

3、运行EDTA

运行时，在导入re，json模块时出现

module 'enum' has no attribute 'IntFlag'

是PYTHONPATH的设置错误，在.bashrc中存留有以前使用python2时留下的配置，导致python3不能找到正确的enum位置，注释掉bashrc中相关语句后，清空$PYTHONPATH变量即可：

 unset PYTHONPATH
 #查看是否清空
 echo $PYTHONPATH

然后即可正常使用，PYTHONPATH是python2中多用的配置，使用python3和conda后一般不再需要

4、package ‘xxxx’ is not available 的解决办法

install.packages("LDheatmap", repos='https://mran.microsoft.com/snapshot/2019-02-01/')

添加repos，地址

4、EDTA，RMblast engine is not installed in RepeatMasker

删除conda安装的rmblast，重新安装rmblast；版本2.6.0

5、运行repeatModeler 中./BuildDatabase 时报错

Encode.c: loadable library and perl binaries are mismatched (got handshake key 0xce00080, needed 0xde00080)

首先确定安装软件的路径，我是使用conda安装在env下的repeatmolder, 然后手动设置PERL5LIB (运行前，加入即可正常)

PERL5LIB=/data/pub/miniconda2/envs/repeatmolder/lib/perl5/site_perl/5.22.0/x86_64-linux-thread-multi

6、运行busco时

ERROR   Cannot write to Augustus config path, please make sure you have write permissions to /.../augustus/config/

在使用别人安装的augustus时，读取其config文件时报错没有权限，只需要将别人的config文件复制在自己目录下即可，这样就有权限了，而后修改august的config的环境变量即可

7.githup 下载指定文件夹

例如：https://github.com/Magdoll/cDNA_Cupcake/tree/master/cupcake/tofu

需要下载tofu这个文件夹，只需要将上述link中tree/master改为trunk即可

svn checkout https://github.com/Magdoll/cDNA_Cupcake/trunk/cupcake/tofu

8. orthfinder 报错

报错内容：ERROR: external program called by OrthoFinder returned an error code: 1
●  解决措施：
●  ①降低orthofinder版本
●  ②删除氨基酸序列中的点或把点替换为X，sed -i '/^>/!s/\./X/g' filename.fasta

9. purge_haplotigs minimap2 存储不够

将script/purge.pl中第52行的minimap2命令进行修改，将N改为 N=1000

10. 安装JCVI

在使用pip安装总是报错，可以使用mamba安装jcvi依赖的包，然后安装jcvi

conda create -n jcvi
conda activate jcvi
mamba install -c conda-forge -c bioconda ete3=3.1.3 deap
python3.12 -m pip install jcvi

## 如果在使用pip安装时发现哪个包报错，则继续用mambfa安装即可

最后编辑于：2024.07.01 11:42:58