with plt.rc_context({
'figure.figsize':[6,4],
'savefig.dpi':300
}):
mpl.rcParams['pdf.fonttype'] = 42
mpl.rcParams['ps.fonttype'] = 42
sc.pl.umap(
adata,
color="Cluster",
palette=cycler(color=mpl_cm.tab20.colors),show=False)
plt.savefig("/home/FigS_cell_annotation.pdf", bbox_inches="tight",format="pdf")
这个很重要！
一定要保存为嵌入字体信息的PDF，不然在AI中打开，字体是以锚点保存的
