DEPTH2: 一种基于 mRNA 的算法来评估肿瘤内异质性，而不参考正常对照
摘要
肿瘤内异质性(ITH)与肿瘤进展、不良预后、免疫抑制、基因组不稳定性和治疗抵抗有关。因此，评估 ITH 水平在肿瘤诊断和治疗中具有重要价值。我们提出了一种新的基于 mRNA 的 ITH 评估算法(DEPTH2) ，没有参考正常对照。DEPTH2基于肿瘤中绝对 z 评分转录组水平的标准偏差评估 ITH 水平，反映相对于肿瘤中心趋势的转录组改变的异步水平。通过分析33种 TCGA 癌症类型，我们证明 DEPTH2 ITH 在测量 ITH 与肿瘤进展，不良预后，基因组不稳定性，抗肿瘤免疫和免疫治疗反应降低以及不同癌症中药物反应改变的显着相关性方面是有效的。与其他五种 ITH 评估算法(MATH，PhyloWGS，ABSOLUTE，DEPTH 和 tITH)相比，DEPTH2 ITH 与不利的临床结果显示出更强的相关性，并且在表征 ITH 的其他特性，例如与基因组不稳定性和抗肿瘤免疫抑制的关联方面，DEPTH2也显示出竞争性能。与其他算法相比，DEPTH2有望在评估 ITH 方面有更广泛的应用。
