当炎帝与黄帝在中原都成为自己的部族首领时，与之遥相呼应的南方却也不太安宁。当时的长江流域上也涌现出了一个比较强大的部落，名叫“九黎”。九黎的首领是蚩尤，他们兄弟81人能征善战，各个强悍凶猛，并发明出了较早的冶炼技术，借此迅速统治了长江流域的广袤地区。
蚩尤性格残暴，喜欢搏斗，见炎帝率领自己的部落延渭水南下，他便率部族北上，在陈州向炎帝发动了战争，炎帝部落力有不逮，被蚩尤一路追击到了逐鹿荒原。而此时的涿鹿已是黄帝部族的势力范围，黄帝派人欲说服炎帝归顺，但是炎帝不听，反而攻击黄帝部落，双方在阪泉大战三次，炎帝皆败，只能归顺于黄帝。于是二人在邙山定下盟约，共同讨伐蚩尤。
至此，正式拉开了传说中逐鹿之战的大幕。
战争开始之时，黄帝呼唤有翼的应龙前来助战，应龙畜水以便淹没蚩尤的军队，但蚩尤也有风伯、雨师相助，一时风雨大作，黄帝军队再次陷入困境，危急中，黄帝只得请下天女女妭阻止风雨，天气突然晴霁，蚩尤军队惊诧万分，黄帝乘机命令大军倾巢出动。并亲自带兵出战，率领以熊、罴、貔、貅、貙、虎为图腾的六个部落，向蚩尤所率领的九黎部落发动猛攻。黄帝麾下的战士一个个身强力壮，还有默契的战术配合，一时间竟压制住了狂暴的九黎战士。
蚩尤眼见杀得难解难分，就施展自身巫法，从鼻孔喷出团团浓雾，刹时天昏地暗，狂风大作，雷电交加，—直延续了三天。让黄帝的部众一时都迷失了方向，分不清东南西北，军心开始浮动。蚩尤的部众则精神大振，乘势凶猛冲杀。又是危机当头，黄帝坐下大将风后在天上北斗星的启示下制作了一辆指南车，车上站着一个铁制的小人，伸出手臂指向南方。黄帝部众立刻辨明了方向，六大部落顿时情绪激昂，奋力冲出重雾，直杀得九黎部族“尸横遍野，血水漂杵”，最终擒杀了蚩尤。
黄帝大败蚩尤的消息马上传遍南方的广袤土地，长江流域其他部族纷纷归顺黄帝，黄帝便在釜山大会天下诸侯（即部落酋长），被推举为天子，完成了统一中华的不朽功勋。同时制定了华夏民族统一的图腾标帜，也就是旗帜。当时有人建议仍以有熊部族的“熊”为图腾，黄帝否定了这个建议。他认为，以“熊”为图腾将伤害新归顺的各部族的感情。为了团结这些部族，他提出以蛇为主体，以鱼鳞为鳞，以龟尾为尾，以狮头为头，以鹿角为角，以鹰爪为爪，并命名这个表示各个部族大团结的新图腾叫“龙”。后世所说中华民族是“龙”的传人，即由此而来。
