在前天运行程序 ./program/vina时，fdaapp数据库中的部分配体出现错误。

Parse error on line 12 in file "./fdaapp/DB09137.pdbqt": ATOM syntax incorrect: "Tc"
is not a valid AutoDock type. Note that AutoDock atom types are case-sensitive.

类似的，其他金属离子B, Gd, nan, Pt, As, Bi, Al, Ag, Ga, La, Sr等也会出现类似的错误。AutoDock对部分带金属离子的配体不能正常对接。在dock.log文件里显示为（已省略部分信息）：

#错误的输出
Calculate DB00188
Reading input ... Calculate DB00196#在读取配体文件时报错（见上），进而直接跳过该配体计算下一个配体
mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -6.5      0.000      0.000
Writing output ... done.
#####################################
#正常的输出，在读取配体文件时显示done
Calculate DB00209
Reading input ... done.
mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -6.1      0.000      0.000
Writing output ... done.

因此，在得到Score.txt时，会将下一配体DB00196的计算结果算到DB00188中。而DB00196无计算结果。

Calculate DB00188
   1         -6.5      0.000      0.000

Calculate DB00209
   1         -6.1      0.000      0.000

解决办法
在保存dock结果时，在Calculate DB00188前添加一行***Start***，如下图

#添加***Start***以保证Calculate在行首
Calculate DB00188
Reading input ... ***Start***
Calculate DB00196

在读取dock.log文件，整理以得到Score.txt文件时，代码如下：

while(<FILE>)
{
      if($_=~/^Calculate/)
      {
            chomp $_;
            $temp_ligand=$_;            
      }
      if($_=~/^   1 /)
      {
            @buff=();

            system "echo $temp_ligand  >> $outdir/Score.txt";
            my @temp=split(/\s+/, $temp_ligand);
            push @buff, $temp[1];

            system "echo '$_'  >> $outdir/Score.txt";
            @temp=split(/\s+/, $_);
            push @buff, $temp[2];
            push @data, [@buff];
      }
}