水稻研究竞争激烈,随着测序技术的相对廉价,已知的序列信息及注释信息也越来越多。但研究者却往往困惑于,不知道如何利用已知的信息来挖掘对自己有用的信息,丰富的信息并没有给他们的研究带来不便,相反带来了更多的困惑。身为初学者,需要及时整理自己的研究思路与想法,相信所有的努力都会为你的科研助力,研究成果的获得也将是水稻渠成。下面是我整理的有关根据QTL定位结果,查找基因家族的方法。若有不足之处,恳请前辈们多批评指正。
首先,调整QTL定位的表格,整理成“标准格式”;
其次,根据NR数据库注释的基因号(例如:XP_),在NCBI的Protein查找对应已知信息。
下一步,在NCBI数据库中的Gene一栏,查看基因的Os号或者LOC号,若没有时可以根据ID基因号的链接点开,在基因ID页面的General protein information一栏中找到对应的基因名(Os_chr_number或LOC_Os_chr_number);
下一步,在RAPdb与MSU数据库的ID转化表格中找到可以相互转化的基因名;
最后,根据Funricegenes网站,查找基因对应的基因家族。