经历过战争、流亡，从原先的国内从军到后来定居美国，步入中年之后经历的过往交织的复杂人生体验，使黄仁宇的立场复杂，且不同于传统的历史作家。正如他自己将自己的“大”历史观分享时如是说到“越来越把眼光放大，才知道个人能力有限。生命的真意义，要在历史上获得，而历史的规律性有时在短时间尚不能看清，而须要在长时间内大开眼界，才看得出来。”

虽然太多的历史事件是由极少数人所左右影响的，没有人能够抹杀孔子、耶稣、乔达摩悉达多，亦或是爱因斯坦、牛顿乃至罗斯福、希特勒、毛泽东等个人对于现如今这个世界的影响。但是从更长的历史维度看，人类文明为何发源于新月沃地，中国为何可以适合形成大一统的集权制国家，而近代文明为何是在欧洲发展而不是其他的地方？主要原因还是受天候、地理的关系。在《枪炮、病菌和钢铁》一书中阐述的这种“大”历史观与黄仁宇的观点不谋而合，系历史上有长期的重要发展，牵涉很多事物的时候，很难是少数人的贤愚得失所能概括的。

《万历十五年》一书指出，中国两千年来，以道德代替法制，至明代而极，这就是一切问题的症结。

明帝国的体制上实施中央集权，其精神上的支柱为道德，管理的方法则依靠文牍。

以道德代替法制这一顽疾并非是某个人能够改变的，上至君王下至能臣，都未能冲破这一堵滞碍社会发展的墙。

统治这个庞大帝国，专靠严刑峻法是不可能的，以文人为管理为数至千万、万万的农民，如果对全部问题都要在朝廷上和盘托出，拿来检讨分析，自然是办不到的，祖先便抓住了礼仪这个要点，要求大小官员按部就班，上下有序。秘诀在于运用伦理道德的力量使卑下者服从尊上，女人听男人的吩咐，而未受教育的愚民则以读书识字的人作为楷模，而这一切都需要朝廷以自身的行动为天下作出表率。而位于九五之尊的万历，便是全天下人所应当效仿的典范。

万历的祖先，一言一行都被臣下恭维为绝对的道德标准，而他在他的臣僚教育之下长大，文官制度自开朝创建以来早已成熟，他的责任范围是文臣安排吗，感情上更需要绝对的抑制。文官形成的强大力量所需要的只是一个个性平淡的君主作为天命的代表，要求这位守成之主与日常的生活隔绝，在仲裁争端中不挟带个人的嗜好和偏爱以引起更多的纠纷。

万历的立储主张无法得到实现，看似是他懒政的一个因。实则不然，是万历看透了自身的无能为力，他的立储不立长违背了伦理这一建国之基，无法发挥自身的个性使他最终以消极不作为的方式对待他所无可奈何的文官。

作为首辅，无论是张居正也好，申时行也罢，虽然采取了截然不同的为政之道，但是都结果无异。

朝廷自建国以来就三令五申，力崇俭朴，但是不合理的财政制度使得明朝发展两百多年至万历年间时，已经出现了很大的问题。文官的阴阳两面，即心理的物质欲望和嘴上的道德标准已经相去甚远。一方面，熟读经史的文人以仁义道德相标榜，以发挥治国平天下的抱负为国家服务，以自我牺牲自诩；一方面，体制上又存在那么多罅隙，给这些人以那么强烈的诱惑。体制上有欠周全，文官集团更需要用精神力量来补助组织之上的不足。

一个具有高度行政效率的政府，具备体制上的周察，则不致接二连三地在紧急情况下依赖于道德观念作救命的符箓。说得严重一点，后者已不是一种好现象，而是组织机构违反时代，不能再复杂社会中推陈出新的结果。

张居正的十年首辅生涯未能解决文官的双重性格这一问题，而仅仅是治理无效之后看清罢了。而他的一套严苛的改革办法侵害了文官们的利益，导致失败，并且招致了死后的清算。

张居正之后的申时行在众多的评价中有“不作为”的诟病，却是因为他将明帝国的弊端看得更为透彻罢了。他深知以道德力量作为施政的根本，关键在于防止坏事发生，而不止于琐屑地去解决问题。行政效率的增进何尝不是他所追求的，但其发展必然是缓慢而有限度的。强求效率提高，超过这种限度，只会造成行政系统的不安，整个文官集团会因压力过高而分裂；而纠纷一起，实际问题又会升级为道德问题。

相较于两任首辅，张居正和申时行的对比，戚继光与海瑞的为官理念之对比是两种更为激烈的碰撞。

一个君子何以有志于做官，海瑞的回答是无非处于恻除和义愤。他看到别人的饥寒疾苦而引起同情，同时也看到别人被损害欺压而产生不平。在君子的精神世界里，出仕做官仅仅是取得了为国家尽忠、为百姓办事的机会。一个人如果处于牟利，他可以选择别的职业，或为农，或为工，或为商。如果为仕为官，则应当排除一切利己的动机。

海瑞的个人情操是值得敬佩，却不适合推广。海瑞给嘉靖的《治安疏》使其名垂青史，但是其不基于现实的理想主义，使其未必能称得上是个能臣，正如李贽对其的评价为“万代之芳草”而难成栋梁之材。海瑞晚年干预土地所有权，其伦理上的根据和法律上的是非姑且罢之不论，只说他以个人的力量，只凭不怕死的诤谏得来的名声作为资本，而要使整个机器体制转动，也就无怪乎不能避免“志大才疏”的评语了。海瑞的一生体现了一个有教养的读书人服务于公众而牺牲自我的精神，但这种净胜实际作用却至为微薄。

相形之下，戚继光的方案就比较现实。他没有去触动整个国家的体制，而只是脚踏实地，做他职责范围内力所能及的事。

戚继光的天才，在于他看准了妥协之无法避免；而他的成功，也在于他善于在技术上调和各式各样的矛盾。戚继光不是在理想上把事情做得至善至美的将领，而是最能适应环境以发挥他的天才的将领。他所以获得成功的要点，在于他清醒的现实感。他看清并适应了当时的政治，而把军事技术作为必要的辅助，这是在当时的环境里唯一可以被允许的方案，至于在一个文人治国的农业国家之内，谁想要极端强调军事效率，提倡技术的发展，而导致军人和文官的并驾齐驱，哪怕他能举出无数动听的理由，在事实上也是绝对办不到的。

1587年，即万历十五年，表面上看似四海升平，无事可论，实际上大明帝国已经走到了发展的尽头。在这个时候，皇帝的励精图治或者宴安耽乐，首辅的独裁或者调和吗，高级将领的富于创造或者习于苟安，文官的廉洁奉公或者贪污舞弊，思想家的极端进步或者绝对保守，最后的结果都是无分善恶，统统不能在事业上取得有意义的发展。

《万历十五年》指出道德非万能，不能代替技术，尤不可代替法律，但是从没有说道德可以全部不要，只是道德的观点应该远大。凡能先用法律及技术解决的问题，不要先就扯上了一个道德问题，因为道德是一切意义的根源，不能分割，也不能妥协。