R包学习
安装与加载R包
配置镜像
-
临时镜像设置
-
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
-
-
永久设置
file.edit('~/.Rprofile')
-
检查镜像
options()$repos和options()$BioC_mirror
安装
install.packages(“包”)或BiocManager::install(“包”)
加载
-library()
安装dplyr包
install.packages("dplyr")
dplyr5个基本函数
新增列
mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)
按列筛选
-
按列号筛选
select(test,1),select(test,c(1,5)),
-
按列名筛选
-
select(test, Petal.Length, Petal.Width),vars <- c("Petal.Length", "Petal.Width")
select(test, one_of(vars))
-
按行筛选
filter(test, Species == "setosa")
filter(test, Species == "setosa"&Sepal.Length > 5 )
filter(test, Species %in% c("setosa","versicolor"))
按列排序
arrange(test, Sepal.Length)#默认从小到大排序,arrange(test, desc(Sepal.Length))#用desc从大到小
汇总
-
直接汇总
summarise(test, mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))# 计算Sepal.Length的平均值和标准差
-
使用group_by()再汇总
group_by(test, Species),summarise(group_by(test, Species),mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))
dplyr2个实用技能
管道操作%>%
group_by(Species) %>% summarise(mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))```
count统计
count(test,Species)
dplyr处理关系数据
内连取交集inner_join
inner_join(test1, test2, by = "x")
左连left_join
left_join(test1, test2, by = 'x')
全连full_join
full_join( test1, test2, by = 'x')
半连接:返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_join
semi_join(x = test1, y = test2, by = 'x')
反连接:返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_join
anti_join(x = test2, y = test1, by = 'x')
简单合并
-
按行合并
bind_rows(test1, test2)
-
按列合并
bind_cols(test1, test3)