perl语言是一门“古老的”语言,现在几乎不处于主流语言的行列。但学习过生物信息学的朋友可能会发现,现在还有很多文章报道的生物信息学的软件是应用perl语言编写的,所以稍微了解一下相关的只是也是极好的。
在perl语言中,模块的定义类似于R语言和python里的包,可以下载,需要安装。当然,其有自身的独特性。现将一些经验总结如下:
简单的安装方法
perl -MCPAN -e shell #调出perl shell
install 模块的名字
超级简单的!你几乎可以安装所有的perl模块。
当然要注意最后安装的结果,应该是OK的,否则要回去看看是不是有什么依赖包没有安装。
手动安装
手动安装其实也不难,而且以我的经验更为推荐,因为这个相当于分步式安装,可以更好的找到安装中出现的问题。
推荐一个网站,meta::cpan(https://metacpan.org/)。所有的模块都在这了吧,下载的都是tar.gz的安装包。
1 解压模块包
tar -zxvf 模块包.tar.gz
2 编译一下
cd 模块文件夹 #进入那个解压后的文件夹
ls #你可以看一下这个包里都有啥文件,看看有没有Makefile.PL那个文件
perl Makefile.PL #编译一下
ls #这时你会发现对了一个Make文件,那就OK了。
3 测试一下(可以不做)
make test
当然可以不做,因为时间长。如果后面都是OK,那就说明没有问题了可以放心安装。
4 安装
make install
安装完之后,似乎也不会有什么提示,你可以在下一步测试一下。
5 测试是否安装成功
perl -e ('use 模块名’)
如果没有提示,就说明安装成功了。否则会告诉你缺少哪个依赖模块。
写在最后
必须要装的一个模块
建议一定要先安装Bundle::CPAN这个模块,会让你减少模块依赖的现象。
perl -MCPAN -e shell
install Bundle::CPAN