1.GATK
（1）program language：C++
（2）Reference:
10.1101/gr.107524.110（Genome Research，2010）
10.1038/ng.806（Nature Genetics，2011）
10.1002/0471250953.bi1110s43（Current protocols in human genetics，2013）
10.1101/201178（bioRxiv，2017）
（3）Manual：
https://github.com/broadinstitute/gatk
10.1038/ng.806（Nature Genetics，2011）
10.1002/0471250953.bi1110s43（Current protocols in human genetics，2013）
（4）Link：
https://github.com/broadinstitute/gatk/releases
2.DeepVariant
（1）program language：C++，Python
（2）Reference:
10.1038/nbt.42352(Nature Biotechnology ，2018）
10.1101/2020.02.10.942086（bioRxiv，2020）
（3）Manual：
https://github.com/google/deepvariant/tree/r0.10/docs
（4）Link：
https://github.com/google/deepvariant
3.Sentieon（商业版GATK）
https://www.sentieon.com
4.SAMtools
（1）program language：C
（2）Reference:
10.1093/bioinformatics/btp352(Bioinformatics，2009）
10.1101/gr.114819.110（Genome Research，2011）
10.1101/020024（bioRxiv ，2015）
（3）Manual：
http://www.htslib.org/doc/
（4）Link：
https://github.com/samtools/samtools
