解决问题：interproscan 软件在Linux中配置（个人经验，仅供参考~）

提示：安装的版本是interproscan-5.55-88.0-64-bit

一、参考文档

https://interproscan-docs.readthedocs.io/en/latest/
https://github.com/ebi-pf-team/interproscan

二、需要软件

Software requirements:

64-bit Linux
Perl 5 (default on most Linux distributions)
Python 3 List item(InterProScan 5.30-69.0 onwards)
Java JDK/JRE version 11 (InterProScan 5.37-76.0 onwards)
Environment variables set $JAVA_HOME
- should point to the location of the JVM
- $JAVA_HOME/bin should be added to the$ PATH

1.检验perl安装版本：

perl -version

2.检验python版本：

python

quit() 退出python环境
3.检验java 版本

java -version

配置Java 环境
1：下载jdk包：本章使用的为后缀为tar.gz的文件（不需要安装），jdk-11.0.13_linux-x64_bin.tar.gz
官网注册下载即可，版本要和linux 版本匹配！！！（因为有很多版本）
2：将压缩包上传至服务器安装目录下
3：解压

 tar -zxvf 11.0.13_linux-x64_bin.tar.gz

3: 解压生成jdk-11.0.13 文件夹，将文件夹目录路径添加到 .proflie 文件中

JAVA_HOME=/home/user/java/jdk-11.0.13
PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH
CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib/dt.jar:$JAVA_HOME/lib/tools.jar
export JAVA_HOME
export PATH
export CLASSPATH

4: 运行 source ./.profile
5: 运行 java -version 看是否生效。若出现jdk版本号，则安装并配置环境变量成功

三、下载安装

1.下载压缩包

代码如下（示例）：

mkdir my_interproscan
cd my_interproscan
wget https://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/5/5.55-88.0/interproscan-5.55-88.0-64-bit.tar.gz
wget https://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/5/5.55-88.0/interproscan-5.55-88.0-64-bit.tar.gz.md5

# checksum 是为了验证文件下载的完整性，interproscan 比较大，验证是为了减少后续软件缺省的麻烦:
md5sum -c interproscan-5.55-88.0-64-bit.tar.gz.md5
# Must return *interproscan-5.55-88.0-64-bit.tar.gz: OK*
# 如果 failed 则需要重新下载.

2.解压

tar -pxvzf interproscan-5.55-88.0-*-bit.tar.gz

# where:
#     p = preserve the file permissions
#     x = extract files from an archive
#     v = verbosely list the files processed
#     z = filter the archive through gzip
#     f = use archive file

3. 和hmm model 建立索引

python3 initial_setup.py
#时间比较长

4. pather model

最新版不需要下载pather model！！！

5. 运行

./interproscan.sh

四、问题解决

1 软件缺失

Deactivated analyses:
        SignalP_GRAM_POSITIVE (X.X) : Analysis SignalP_GRAM_POSITIVE-X.X is deactivated, because the following parameters are not set in the interproscan.properties file: binary.signalp.4.0.path
                  SignalP_EUK (X.X) : Analysis SignalP_EUK-X.X is deactivated, because the following parameters are not set in the interproscan.properties file: binary.signalp.4.0.path
                      Phobius (X.XX) : Analysis Phobius-X.XX is deactivated, because the following parameters are not set in the interproscan.properties file: binary.phobius.pl.path.1.01
                        TMHMM (X.Xc) : Analysis TMHMM-X.Xc is deactivated, because the following parameters are not set in the interproscan.properties file: binary.tmhmm.path, tmhmm.model.path
        SignalP_GRAM_NEGATIVE (X.X) : Analysis SignalP_GRAM_NEGATIVE-X.X is deactivated, because the following parameters are not set in the interproscan.properties file: binary.signalp.4.0.path

运行完后，在一系列参数说明的结尾，会提示有某些软件无法获得，这些软件需要自行前往官网注册并下载,并将下载软件添加到 interproscan 相应目录下

signalp-4.1
SignalP-4.1 download
tmhmm-2.0c
tmhmm-2.0c
phobius1.01
phobius1.01 download

2 报错提醒

signalp-4.1报错
SignalP Error message: Can't locate FASTA.pm in @INC

软件路径需要更改
修改文件signalp

#原文件路径
BEGIN {
 $ENV{SIGNALP} = '/usr/opt/www/pub/CBS/services/SignalP-4.1/signalp-4.1';
}
#修改为自己的路径
BEGIN {
 $ENV{SIGNALP} = '/home/usr/bacteria/app/interproscan2/interproscan-5.55-88.0/bin/signalp/4.1/';
}

hmm model报错
pather.hmm bad file format…………

可能是软件解压过程hmm model 不完全的问题导致的
需要回到最初解压软件压缩包的步骤；修改 interproscan-5.55-88.0-64-bit.tar.gz权限

chmod 777 interproscan-5.55-88.0-64-bit.tar.gz

phobius1.01
报错Could not read provided fasta sequence at bin/phobius/1.01/phobius.pl line 408
```
Could not read provided fasta sequence at bin/phobius/1.01/phobius.pl line 408
```
phobius 版本与Linux 操作系统版本（64位）不对应，一般而言 phobius 默认的是32 位的

检查是否是32bit
```
file bin/phobius/1.01/decodeanhmm |grep 32-bit
```
如果是32 bit，则需要将decodeanhmm 删除，并将decodehmm.64bit 文件改名为decodeanhmm

总结

以上仅个人安装 interproscan 过程中踩过的坑及解决方案，希望能够为大家提供帮助~
有错误的地方希望大家指出，彼此交流，共勉！

Interproscan 安装教程及运行报错解决