SnpEff 软件需要使用Java运行，常用的两个命令build和eff, build 用于构建数据库，eff用于对SNP/Indel 进行注释。
注：因为是基于JAVA平台，所以当一个数据大于2.1G 的时候就会报错java.lang.OutOfMemoryError。需要拆分进行操作。
软件可以用conda安装，下载快些，使用的时候需要找到安装位置的snpEff.config 文件。
下载软件安装

$ conda install snpeff
或者自己下载安装
$ wget https://nchc.dl.sourceforge.net/project/snpeff/snpEff_latest_core.zip
$ unzip snpEff_latest_core.zip -d /opt/biosoft/    
-d 指定解压后文件存放目录

使用大蒜基因组进行indel 注释实践

准备好三个文件：GFF3或GTF格式的注释文件，基因文件，indel文件
在软件存放目录/opt/biosoft/snpEff/data/新建一个文件夹

$ mkdir garlic_genome
$ cd garlic_genome 

将基因组文件 sequences.fa 注释文件 genes.gff3 Indel 文件 garlic_indel.vcf 放入这个文件夹

接着修改程序配置文件 /opt/biosoft/snpEff/snpEff.config
在最后一行加上：garlic_genome.genome : garlic genome
最后，构建数据库及注释

java -jar /opt/biosoft/snpEff/snpEff.jar build -c /opt/biosoft/snpEff/snpEff.config -gff3 -v garlic_genome
java -Xmx2G -jar /opt/biosoft/snpEff/snpEff.jar eff -csvStats variants.SnpEff.csv -s variants.SnpEff.html -c /opt/biosoft/snpEff/snpEff.config -v -ud 500 garlic_genome garlic_indel.vcf > garlic.SnpEff.vcf