2023-07-27 linux 使用awk 实现excel中 vlookup 函数功能

已知表格1中内容为:

Pangenome_ALLmerge    MGAL10B.pep    Orthogroup

HT_HIFI_Bat0035260.1    MGAL_10B003480P1    OG0000006

HT_HIFI_Bat0035260.1    MGAL_10B093273P1    OG0000006

HT_HIFI_Bat0035260.1    MGAL_10B093316P1    OG0000006

HT_HIFI_Bat0035260.1    MGAL_10B093328P1    OG0000006

HT_HIFI_Bat0035260.1    MGAL_10B093379P1    OG0000006

表格2中内容为:

Seq Name    GO Seq    Description    Level

HT_HIFI_Bat0000010.1    GO:0016020    Hypothetical predicted protein    3

HT_HIFI_Bat0000010.1    GO:0031224    Hypothetical predicted protein    4

HT_HIFI_Bat0000010.1    GO:0005575    Hypothetical predicted protein    1

HT_HIFI_Bat0000010.1    GO:0110165    Hypothetical predicted protein    2

已知第一个表格中第一列和最后一列内容中每一行都互相对应,需求是,使用awk在表格2中插入1列,要求插入列的内容和第一个表格的最后一列互相对应,列名称为OG。表格2中原有列都保留。表格列之间都以\t分割。

实现:

awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"} FNR==1{print $0, "OG"; next} FNR==NR{og[$1]=$3; next} {print $0, og[$1] ? og[$1] : "NO_OG"}' 表格1 表格2

在这个命令中,BEGIN{FS=OFS="\t"} 表示设置输入和输出字段分隔符为制表符;FNR==1{print $0, "OG"; next} 表示对表格2的第一行添加列名 "OG";FNR==NR{og[$1]=$3; next} 表示对表格1进行处理,将第一列和第三列作为键值对存储在数组 og 中;{print $0, og[$1]} 表示对表格2的每一行,在末尾添加与其第一列对应的表格1中最后一列的值,即 og[$1] ,og[$1] ? og[$1] : "NO_OG" 表示如果数组 og 中存在对应的值,则输出该值,否则输出 "NO_OG"。

注意,这里假设表格1和表格2中的第一行都是标题行。如果不是,则需要根据实际情况修改 FNR==1 的判断条件。另外,由于 awk 默认使用缓冲区,可能会导致输出顺序与输入顺序不一致,因此建议在运行命令后手动检查输出结果

需求:按照需求对列排序,提取列等,

实现:awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"} {print $4, $2, $3, $5}' 表格2 > 新表格文件名

需求:删除列中含有NO_OG的行

实现:awk '$2 != "No_OG"' 表格文件名 > 新文件名

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