题目：Identification of tumor antigens and immune subtypes of pancreatic adenocarcinoma for mRNA vaccine development（PMID:33648511）
胰腺癌mRNA疫苗和免疫分型
免疫分型表明肿瘤本身及肿瘤微环境的免疫状态，对肿瘤的治疗反应、免疫接种的潜力密切相关。
目的
- 鉴定胰腺癌中具有mRNA疫苗潜能的基因
- 对胰腺癌进行免疫分型，顺便找到能对mRNA疫苗有效的亚型患者。
整体思路
结果
1. mRNA疫苗潜在基因
在TCGA数据库中，
（1）根据|log2FC|>1&q values<0.01共获得了2459个过表达的基因；
（2）根据cBioprotal数据库，获得8850个突变基因；
（3）过表达基因和突变基因取交集，做预后分析，得到926个过表达且突变的基因，其中21个与OS相关，这21个中7个和RFS相关。
（4）上述7个基因中，有1个跟较好的预后有关，予以排除，剩余6个候选基因，在TIMER中分析6个基因与免疫细胞浸润的关系。
2. 胰腺癌免疫分型
mRNA疫苗不是对所有的患者都有效，因此筛选可能对mRNA疫苗有反应的患者进行治疗非常有必要，而免疫分型能够很好的反应患者可能的治疗反应。
（1）基于1997个免疫基因，采用一致性聚类方法，将ICGC的胰腺癌病人分为5个亚型。
2.1 临床特征与免疫亚型
5个不同的亚型的预后差异具有统计学意义，且跟临床stage和grade密切相关（Fig 4），在TCGA总可以得出同样的结论。
2.2 突变状态与免疫亚型
免疫亚型4和5的肿瘤负荷突变（TMB）,突变基因数，总体突变情况都有显著差异。
2.3 免疫调节因子与免疫亚型
免疫检查点（ICPs）和免疫原性细胞死亡（ICD）在肿瘤免疫中作用非常重要，分析结果表明免疫分型可以反映ICPs和ICD的表达水平，可以作为mRNA疫苗的潜在治疗的生物标志物。
2.4 生物标记物与免疫亚型
CA125和CA199是胰腺癌的预后和诊断依据，免疫亚型与这两个生物标志物比较在预测预后方面有很大优势。
2.5 免疫细胞浸润与免疫亚型
对mRNA疫苗的反应取决于肿瘤的免疫状态，
（1）ssGSEA分析得到的28中免疫免疫细胞浸润，可以很好的评价免疫亚型的免疫情况。
（2）免疫亚型结果与C1-C6免疫亚型对比
2.6 细胞轨迹分析（没看懂￣□￣｜｜）
根据胰腺癌患者免疫基因的表达谱，构建免疫浸润细胞轨迹。
3. WGCNA确定核心免疫基因
根据差异分析、基因突变和预后确定了6个候选基因，那么基因本身很重要的也应该考虑在内，采用WGCNA找出核心基因。（个人感觉此处有凑数据的嫌疑）
结论
（1）ADAM9，EFNB2，MET，TMOD3，TPX2和WNT7A是mRNA疫苗的候选基因
（2）免疫分型4和5适合mRNA疫苗接种
收获
（1）免疫分型的周边分析，结合临床特征、突变状态，调节因子，免疫细胞浸润值得借鉴。
（2）免疫细胞浸润谱系分析，新的知识点，加强学习！
号外：经朋友推荐，竟然几乎在同一时间有两篇一样套路的文章，惊为天人！有图为证
参考文献：
Identification of tumor antigens and immune subtypes of pancreatic adenocarcinoma for mRNA vaccine development
Identification of tumor antigens and immune subtypes of cholangiocarcinoma for mRNA vaccine development
