维吉尼亚加密法的破解，在一定程度上还影响了美国南北战争的走势。
1863年1月，林肯宣布了《解放宣言》，使美国所有的奴隶从法律上获得了自由，战争的发展也进入了新的阶段。
同年，北军围攻南军占领的密西西比州的维克斯堡时，抓获了8名南军士兵，他们试图将一大批军潜入城市装运一大批军帽。经过审讯和搜查，北军发现了这8名潜入者的头目身上，藏有一封南军西线战区司令约瑟夫·e·约翰斯顿将军的密信。
北军指挥官格兰特便将这一消息发送到了华盛顿，希望有人可以解读出来。
信件如下：
Jackson, May 25, 1863:（1863年5月25日，杰克逊:）
Lieutenant General Pemberton:（中将彭伯顿:）
My XAFF, USLX was VVUFLSJP by the BRCYAJ, 200,000 VEGT SUAJ NERP ZIFM. It will be GFOECSZOD as they NTYMNX. Bragg MJTPHINZG a QRCMKBSE. When it DZGJX I will YOIG AS QHY NITWM do you YTIAM the IIKM VFVEY. How and where is the JSQMLGUGSFTVE. HBFY is your ROEEL.
J.E. Johnston（J.E.约翰斯顿）
华盛顿方面拿到密信之后，立即组织人手对密信展开破译工作，参与破译的主要人员是当时号称“华盛顿三圣”的阿尔伯特、钱德勒和贝茨三位青年。
然而破译工作一开始进展得并不顺利，正当华盛顿方面研究一个破译方案时，北军拿下了维克斯堡。在缴获的信件中，士兵们又发现了一封密信：
Gen. J.E. Johnston, Jackson:（将军杰克逊J.E.约翰斯顿,:）
I prefer OAAVVR. It has reference to XHVKJ QCHFF IBPZE LREQP ZWNYK to prevent PNUZE YXSWS TPJW at that point. ROEEL PSGHV ELVTZ FIUTL ILASL TLHIF NOIGT SMMLF GCCAJ D.
J.C. Pemberton（J.C.彭伯顿）
破译人员通过两封信的对比，发现了一个关键点——两封信都出现了同一个词——“ROEEL”！
围绕这个关键词，按照卡西斯基实验法（当时这个方法还未被命名），破译人员解开了密文的钥匙——“Manchester Bluff”，意为“曼彻斯特的虚张声势”。接着，又再接再厉，破译出了全部的密文。
杰克逊,1863年5月25日
Lieutenant General Pemberton:中将彭伯顿:
My last note was captured by the picket. 200,000 caps have been sent. It will be increased as they arrive. Bragg is sending a division. When it joins I will come to you. Which do you think is the best route? How and where is the enemy encamped? What is your force?
我最后注意察看，200,000顶帽子已发送，他们将把它运来，发送的部门是Bragg，当它加入之后我必到你们这里来。你认为哪条路线最好？敌人驻扎在哪里?你的力量是什么?
J.E. JohnstonJ.E.约翰斯顿
Gen. J.E. Johnston, Jackson:（将军杰克逊J.E.约翰斯顿,:）
I prefer Canton. It has reference to fortifications at Yazoo City to prevent passage of river at that point. Force landed about three thousand, above mouth of river.
我喜欢Canton，他的城市防御工事可以阻止从河那边通过，河上的兵力留守约三千以上。
J.C. Pemberton（J.C.彭伯顿）
就这样，北军掌握了南军密文中使用的一个密钥，不久之后，又先后破译了南军使用的另外两个密钥。实际上，战争自始至终，南军主要使用的密钥就只有三个，分别为“Manchester Bluff（曼彻斯特的虚张声势）”、“Complete Victory（完全的胜利）”以及战争后期的“Come Retribution（报应来临）”。
密钥的掌握，使南军的加密信件形同虚设，北军在密码战中占据了主动地位。
1863年12月31日，北军又截获了一批南军的加密信件，根据破译出的内容，北军警察突击搜查了位于曼哈顿下城希尔顿雕刻店，当场检获机械、板、和已印好的几百万南部邦联美元。这不仅打击了南军印刷货币的能力，北军的间谍还可以使用假冒南方雕板打印假钞，从货币和金融上给予南军以重创。
后世的军事专家在研究美国南北战争时，普遍认为北军维克斯堡战役的胜利导致了战局的转变。这其中，不乏密码学的功劳。
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