0.背景知识
在预后分析中，构建了多因素cox模型后可以选择森林图或者是诺谟图进行可视化。
之前看诺谟图，如果有一个新的病人信息，可以从诺谟图上面自行比划看该新病人的1、3、5年生存率。
这样画起来多少有点麻烦，最近埋头苦读的我发现一个人的生存率也可以做成生存曲线。
1.编造示例数据和构建模型
rm(list = ls())
library(rms)
library(prodlim)
library(survival)
set.seed(13)
ph <- SimSurv(100)
head(ph)
## eventtime censtime time event X1 X2 status
## 1 3.068009 24.716896 3.068009 1 0 0.5543269 1
## 2 9.666322 17.105853 9.666322 1 1 -0.2802719 1
## 3 1.200405 2.101732 1.200405 1 1 1.7751634 1
## 4 2.749020 5.286182 2.749020 1 1 0.1873201 1
## 5 5.974245 14.870069 5.974245 1 0 1.1425261 1
## 6 1.853016 7.541804 1.853016 1 1 0.4155261 1
mod <- cph(Surv(ph$time, ph$event) ~ X1 + X2, data=ph, x=TRUE, y=TRUE, surv=TRUE)
ph里面的X1和X2就是编造的临床信息
2.新来一个病人的话
假如他的临床信息是 X1 = 0,X2 = 1
new_dat <- data.frame(X1 = 0,X2 = 1)
画他的生存曲线
g = survfit(mod,new = new_dat)
dat = data.frame(time = g$time,surv = g$surv)
plot(dat$time, dat$surv, type = "s")
或者是ggplot2版本
library(ggplot2)
ggplot(dat,aes(time,surv))+
geom_line()+
theme_bw()
3.更好玩的是可以做成shinyapp
哈哈，看起来很厉害实际上就是唬唬人的东西，有人会用shiny来做很复杂很炫酷的网页工具，我们这个是个入门版本。
rm(list = ls())
library(shiny)
library(rms)
library(prodlim)
library(survival)
# 定义全局模拟数据和模型
simulate_data_and_model <- function() {
set.seed(13)
ph <- SimSurv(100)
mod <- cph(Surv(ph$time, ph$event) ~ X1 + X2, data=ph, x=TRUE, y=TRUE, surv=TRUE)
return(list(ph = ph, mod = mod))
}
# 调用一次模拟数据和模型，以便在Shiny中使用
data_and_model <- reactive(simulate_data_and_model())
ui <- fluidPage(
titlePanel("病人生存曲线"),
sidebarLayout(
sidebarPanel(
numericInput("X1", "X1 的值", 0, min = -10, max = 10, step = .1),
numericInput("X2", "X2 的值", 1, min = -10, max = 10, step = .1),
actionButton("plotButton", "绘制生存曲线")
),
mainPanel(
plotOutput("survivalPlot")
)
)
)
server <- function(input, output) {
observeEvent(input$plotButton, {
new_dat <- data.frame(
X1 = input$X1,
X2 = input$X2
)
g <- survfit(data_and_model()$mod, new = new_dat)
dat = data.frame(time = g$time,surv = g$surv)
library(ggplot2)
ggplot(dat,aes(time,surv))+
geom_line()+
theme_bw()
output$survivalPlot <- renderPlot({
ggplot(dat,aes(time,surv))+
geom_line()+
theme_bw()
})
})
}
shinyApp(ui, server)
然后就有一个酷酷的弹窗可以画图啦
