2021-01-07 火山图R代码

  • 使用R语言作图,下载ggpubr、ggthemes两个包。但这2个包需要下载Rtools,Rtools下载在官网下载适合自己电脑配置的即可,注意设置环境变量(设置2个,不然会报127、1这2个错)
  • 作图前需要准备好数据,火山图需要adj.P.Val,logFC.
  • 代码分享:

deg.data<-read.table("DEGdata.txt",header=T,sep="\t")
head(deg.data)
deg.datalogP <- -log10(deg.dataadj.P.Val)
ggscatter(deg.data,x="logFC",y="logP")+theme_base()
deg.datachange=ifelse(deg.dataadj.P.Val>0.01,'NoDiff', ifelse(deg.datalogFC>=2,'Up',ifelse(deg.datalogFC<= -2,'Down','NoDiff')))
ggscatter(deg.data,x="logFC",y="logP",color ="change" ,palette = c("#2f5688","#BBBBBB","#CC0000"),size = 1,repel = T,xlab = "logFC" ,
ylab = "-log10(adj.P.Val)")+theme_base()+geom_hline(yintercept = 1.30,linetype="dashed")+geom_vline(xintercept = c(-2,2),linetype="dashed")

代码参考自:https://cloud.tencent.com/developer/article/1512442

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