七月十四日，刘裕使辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间内史蒯（kuǎi）恩、中军咨议参军孟怀玉等率众追击卢循。
刘裕还东府，大治水军，所造之船皆大舰重楼，高者十余丈，更胜敌船一筹。
刘裕又遣建威将军孙处（字季高）、振武将军沈田子（沈林子兄）率众三千乘船自海道南下袭番禺。
沈田子大惊，劝谏道：“海道艰远，必至为难，且分兵击远，非当下之急。”
刘裕笑道：“卿若有所惧，我当另遣他人。”
沈田子脸色一红，急道：“我死且不惧，况为国除贼乎？”
刘裕哈哈大笑道：“适才相戏耳，卿莫怪之。”又正色对孙处、沈田子道：“我料大军十二月之交必破妖虏，卿等至时，先倾其巢窟，使其败无所归也。切记。”
孙、沈二将领命而去。蜀中谯纵闻卢循起兵，数战数胜，已围建康，大喜过望，立遣侍中谯良等入见于秦主姚兴，请联兵以伐晋。
恰逢晋国宗室司马国璠及弟叔璠、叔道自南燕逃奔秦国。义熙二年，司马国璠曾与桓石绥举兵于胡桃山，被刘怀肃击败，逃往南燕。及刘裕灭南燕，司马国璠只好又逃至秦国。
秦主姚兴问司马兄弟道：“刘裕诛桓玄，辅晋室，卿不归国，因何至此？”
司马国璠答道：“刘裕削弱王室，臣宗族有自振复者，立除之，故臣有家难回，有国难奔。刘裕日后必为国患，甚于桓玄耳。”
姚兴因刘裕灭南燕，又有轻蔑之言，深恨之，道：“朕今为你除此国贼。”遂以司马国璠为扬州刺史，叔道为交州刺史。又遣前将军苟林率骑兵南下，与谯蜀合攻荆州
谯纵又以桓谦为荆州刺史，谯道福为梁州刺史，率众二万入寇荆州。
桓谦自被谯纵软禁于龙格(今四川双流县)，生不如死，已逾数年，今始脱困，与桓蔚诸弟慨叹道：“既脱牢笼，纵死荆州亦不返也。”
江陵自卢循东下，道路断绝，不得建康音问，群盗纷起。荆州刺史刘道规遣司马王镇之率天门太守檀道济、广武将军到彦之入援建康。檀道济，檀祗之弟，刘宋朝名将。
王镇之率军攻浔阳，与卢循军大战，正酣战间，后秦苟林军到，纵骑大掠，晋军腹背受敌，大败而逃。
卢循见之大喜，以苟林为南蛮校尉，分兵配之，使其乘胜进军江陵，并声言徐道覆已克建康。
桓谦与谯道福东下，沿路召募旧部，荆州之民来投之者二万余人，桓谦遂屯枝江，时苟林亦进至江津，相去百余里。二寇交逼，江陵士民多怀异心。刘道规乃召集众将士告之道：“桓谦近在咫尺，闻诸君颇有去就之计，我东来文武足以济事，若欲去者，概不相禁。”遂夜开城门，达旦不闭。众皆惮服，莫有去者。
谯道福见桓谦羽翼已丰，不听号令，遂率军转攻晋之巴东郡（今重庆），守军不得外援，城陷，蜀军杀巴东太守温祚、将军时延祖，蜀中全数落入谯氏掌中。
雍州刺史鲁宗之闻江陵危急，率精兵数千自襄阳赴援江陵。参军刘遵对刘道规道：“当此非常之时，人心难测，可令其于城外屯驻，不可使入城，以防生变。”
刘道规不以为然，道：“彦仁（鲁宗之字）素忠勇，平桓氏有大功，因何疑之？”遂单马出城迎之，鲁宗之大为感动道：“君不疑我来取荆州乎？”。
刘道规道：“君若有意，固当让贤。”
鲁宗之哈哈大笑道：“君气度恢廓，不亚乃兄。”二人遂携手入城。
刘道规使鲁宗之守城，委以腹心，自率诸军攻桓谦。
檀道济劝谏道：“今远出讨伐桓谦，其胜负难料。而苟林近在江津，伺人动静，若来攻城，鲁宗之未必能敌；若有差池，荆州不保，大事去矣。”
刘道规自信道：“苟林愚懦，无他奇计，以我去之未远，必不敢来攻城，恐中诱敌之计。我今取谦，攻其不备，往至便克；待敌狐疑之间，已自还返。桓谦败则苟林破胆。岂暇得来！且宗之独守城，何为不支数日！”
乃率军驰往攻击桓谦，水陆并进。桓谦等大陈舟师，兼以步骑，战于枝江。
檀道济一马当先，率军冲阵，桓谦新募之兵，难当百战之师，被打得大败。桓谦舟师见步骑败退，亦四散溃逃，桓谦见势不妙，抢过一艘小船，单舸逃奔苟林，刘道规令人追斩之。至是，桓氏在荆州势力方灭，再无复起之日。
刘道规还军至涌口（今湖北华容县），乘胜讨伐苟林，苟林闻桓谦败，军无战意，败走巴陵，刘道规遣刘遵率众追之，九月，刘遵斩苟林于巴陵。
刘道规进入桓谦大营，左右兵士搜检出数箱书信，均为江陵士民与桓谦往来之书，有言城内虚实者，有欲为内应者，左右呈上，问如何处置，刘道规道：“此亦人之常情也，我当效魏武。”悉焚不视，众心于是大安。
卢循闻桓谦、苟林败亡，令徐道覆率众三万再取江陵，自领军守浔阳。
徐道覆率军潜行至江陵城南之破冢。时鲁宗之军已还襄阳，刘道规闻贼至，大惊失色，令人急追宗之，召而不及，江陵城中人情大震，纷传卢循已平京师，故遣徐道覆来为荆州刺史。
幸得江陵士民感刘道规焚书之恩，无复异志，自愿助守城池。刘道规使刘遵别为游军，自领军与徐道覆大战于豫章口。
大军将发，刘遵劝道：“大敌当前，唯患众少，不应分兵，置无用之地。”
刘道规正色道：“正应我军兵少，当以奇计胜之，你伏兵敌右，待我鼓响，再杀出横击，必获全胜。”
刘遵遂领命而去。
刘道规麾军与徐道覆大战，前锋失利，军少却，左右请击鼓，刘道规安坐不动，道：“待敌近再禀。”未几，敌又逼近，左右复请，刘道规仍不许，少顷，敌已至眼前百步，箭矢落其足下，刘道规霍然而起，亲自擂鼓，鼓声大作，晋军感奋，不再后退，与贼兵力战，徐道覆闻鼓声起，不由得暗自犹疑，惧有他变，突然刘遵率军自外横击，贼兵不备，遂大破之，斩首万余级，赴水死者殆尽。
徐道覆单舸走还湓口。初，刘道规使刘遵为游军，众咸以为弄险，及破徐道覆，卒得游军之力，众心乃服。
初，卢循自建康撤军，刘裕料其必攻江陵，遂遣淮陵内史索邈领鲜卑虎班突骑千人支援荆州，因江南水道纵横，马染疫病，大路又为卢军所断，索邈只得率众下马步行，日夜兼程赶往江陵，待徐道覆败后方达。自从卢循东下以来，江陵建康之间音讯断绝，道路纷传京城已没，及索邈军至， 方知卢循已败退浔阳，众人一片欢呼。
十月冬，刘裕待舟师大治，率兗州刺史刘藩、宁朔将军檀韶、冠军将军刘敬宣等逆江而上讨伐卢循。刘毅固求领军追讨卢循，以赎前罪，刘裕正犹豫不决，长史王诞密言于刘裕道：“刘毅既丧败，正可乘此折之，不宜复使立功。”
刘裕从之，任后将军刘毅为监太尉留守府事，后事皆委焉。时刘穆之已从齐地还，令为其副。
十月十四日，刘裕大军兵发建康。
王仲德、刘钟等率军与范崇民军对峙于南陵，范崇民战舰夹屯两岸。王仲德闻刘裕大军将至，遂令诸将进攻之。
十一月初，时天大雾，刘钟乘快船自行前去窥探敌阵，渐渐靠近敌舰，不料，为首敌舰忽甩出两把长钩，将刘钟船钩住，将其拉向阵中。
刘钟左右大惊失色，道：“今为贼所掳也。”
刘钟道：“勿惊。”因令左右擂鼓，用箭射向敌舰窗户，敌舰一听鼓响，天又大雾，不知对面来军多少，急闭户拒之，绳钩乃弃。刘钟才安然回营。
王仲德见刘钟回营后，不禁埋怨道：“世之（刘钟字），何故不听号令，轻身犯险？”
刘钟拱手道：“将军莫怪，钟已有破敌之策。现天大雾，我率舟师佯攻敌阵，敌必不敢出，将军乘间率兵自岸上以火攻之，则敌必败。”
王仲德闻言大喜，二人遂依计行事。
刘钟率舟师来攻敌军，范崇民闻报，令手下不得妄动，只是放箭逼退敌船。
王仲德率兵登岸，绕道敌军背后，放起火来，敌船已然泊住，一时难以开动，被烧毁大半，范崇民大败，逃回浔阳。
王仲德待刘裕军到，合兵一处，水陆并进，浩浩荡荡杀奔浔阳而来。
江州刺史庾悦以鄱阳太守虞丘进为前驱，屡破卢循兵，进据豫章，绝卢循粮道。
卢循闻刘裕军至，与徐道覆商议对策，道：“今江陵未克，豫章亦失，晋军大至，我三面被围，如之奈何，不若退保广州，徐图再起。”
徐道覆道：“卢公，万万不可，我拥众数万，不战而退，众必大溃，则广州不复可至也。不若并力一战，尚可死中求活，不胜，奔未晚也。”
卢循从之。
刘裕军至雷池（江边大泽，在今安徽省望江县雷池乡，不敢越雷池一步即指此处。），卢循扬言不攻雷池，当顺流直下建康。
王仲德闻报，问刘裕行止，刘裕嘿嘿冷笑了几声道：“我固知其欲战，必不能舍此而至建康，破敌不难，恐其逃脱。”遂命王仲德率大舰二百于吉阳（今安徽东至）下寨，横断大江，以防卢循顺长江出海逃脱。又分步骑屯于西岸。
分派已毕，十二月初一，刘裕率诸将出战，出大雷水。
十二月初二，卢循、徐道覆率众数万，列舰而下，前后相接，莫见舳舻之际。
刘裕悉出轻利斗舰，亲擂战鼓，挥动令旗，命众军齐力击之。
右军参军庾乐生见敌势浩大，乘舰不前，刘裕将其立斩当场，传首三军。于是众军奋勇争先。晋军中多备万钧神弩，一箭所至莫不摧崩。
卢军渐渐不敌，又因风水之势，船舰悉泊西岸，岸上晋军伏兵四起，早备火具，乃投火焚之。烟焰张天，贼众大败，晋军追奔至夜乃收兵回营。
卢循败后，将趋豫章（今江西南昌）南下归广州，乃悉力栅断左里（今江西都昌县西）河道，以阻追兵。
刘裕见卢循南下，立即召还王仲德，命为前驱，留辅国将军孟怀玉守雷池，大军追蹑而至。
十二月十八日，晋军至左里，舟师为栅所阻，不得进。将战之际，刘裕立于楼船之上，挥动令旗，指挥队伍，忽然所执令旗旗杆折断，令旗直沉于水，众将见之大惊，以为不祥之兆。
刘裕却欢笑道：“大吉之兆也。昔年我起义兵，与桓玄战于覆舟山，幡杆亦折，今者亦然，贼必破矣。”
诸将遂复振奋。王仲德率数十骑，一马当先，攻栅而进。卢循兵虽殊死战，而不能抵挡。诸军乘胜而上，卢循大败，乘单舸走，其军被杀及投水死者凡万余人。
晋军纳其降附，赦其逼略，刘裕遣刘藩、孟怀玉领轻军继续南下广州追击卢循，并保举建威将军褚裕之暂任广州刺史随军南下。
卢循于路收集散卒，尚有数千人，径还番禺，徐道覆退往始兴。
