通常大家使用下面的代码下载任意GEO数据库的数据集：
options(stringsAsFactors = F)
# 注意查看下载文件的大小，检查数据
f='GSE76275_eSet.Rdata'
library(GEOquery)
# 这个包需要注意两个配置，一般来说自动化的配置是足够的。
#Setting options('download.file.method.GEOquery'='auto')
#Setting options('GEOquery.inmemory.gpl'=FALSE)
if(!file.exists(f)){
gset <- getGEO('GSE76275', destdir=".",
AnnotGPL = F, ## 注释文件
getGPL = F) ## 平台文件
save(gset,file=f) ## 保存到本地
}
load('GSE76275_eSet.Rdata') ## 载入数据
但总是有部分大陆的朋友使用起来很困难，错误如下：
image.png
通常只有的网络错误，都很诡异，毕竟长城在这里。
解决方式也简单，加上代码： options( 'download.file.method.GEOquery' = 'libcurl' ) 即可！
image.png
image.png
链接：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247488208&idx=2&sn=0f6d3d3267decd1cf612d4fe9a215764&chksm=9b48526bac3fdb7d1d1e8f6afbabe47b953770ee10c6bf11f946b38a30fa3051d9edf23fa985&mpshare=1&scene=1&srcid=0611jpKcVRPKdSKWqZv605ev&sharer_sharetime=1591880317525&sharer_shareid=e1ba26818ca313c55c0e31072e165f1a&key=5a68bff73a5a5cd00a9908e621d0176e969dc731c18c3acad5249bffe2724cf37893fecaf951a25a2d967746061834568c8d19bc45ee8647d21b03c5fcef5f65891dc4f2d146c227fdfb8292ebd2b2af&ascene=1&uin=MTkzMDEwMzQ4Mg%3D%3D&devicetype=Windows+10+x64&version=6209007b&lang=zh_CN&exportkey=AXQSmppsw8ZVS1holkQ9SYk%3D&pass_ticket=I4ds0ynm2FkCtcppfmqsk%2FGvywW6oj2NMBI1Xe71f77IqBBwOqe%2FwurFRe72dDbx
