如题,芒果必须告知各位果友这个不幸的消息——Oncomine数据平台将于2022年1月17日终止服务。关于Oncomine平台的离场,芒果很伤心,也很惋惜!
但是,现实总是残酷的,因为后浪凶猛,前浪被拍到沙滩上了。GEPIA已经从初级版本到GEPIA2.0,再到GEPIA2021;TIMER也已经推出TIMER2.0;KM Plotter数据一直在更新维护,还增加了新功能。而Oncomine已经长时间停滞不前。落后就会被淘汰。
对于我们每个追求幸福的人来说,必须尽快找到自己擅长的赛道。我们以前分享过一段「物依稀为贵」的新解读。在大趋势昂扬向上的时候,只有在细分领域做到独一无二才能活下来。只有最有效率的模式才能活下来,那些原地踏步的、抓不住重点的、在落后产能里抱团取暖的,最终都会被高效率的模式淘汰。资源最终都是集中在头部的一两个模式里,后面低效的连汤都喝不着。
Oncomine是大型的癌基因芯片数据库,自带分析和统计功能,已经收集了近715个Datasets的86733个癌组织和正常组织的样本数据(包括GEO、TCGA和已发表的文献等来源的RNA和DNA-seq数据)。Oncomine的整体思路是非常值得我们或者其他数据库借鉴学习的。目前,Oncomine平台的数据还可以用来发表论文。抓紧吧,果友们!
Oncomine数据平台最精彩的地方还是差异表达的展示,正常标本之间,肿瘤和正常标本之间,肿瘤之间;既有红蓝热图的整体展示,还有箱式图、柱形图,并且提供原始数据及其参考文献,数据多来自GEO,方便Graphpad或Excel或R进一步数据处理;既提供p值,变化水平(fold change),还有基因排名(ranking),也提供共表达基因,生存信息。我们只要做临床研究,只要做生信分析,这些都是基本功。
此外,oncomine的数据还可以作为基础研究的有力补充,对于偏基础研究的课题,可用于辅证。下图是陈列平教授在Cell论文中的图,是对oncomine数据的妙用,左图先做出一个流程图,阐明数据分析流程和设计方案;右图,根据实验结果,以条形图的形式展示FGL1基因在各种肿瘤中的变化趋势百分比。
下图是发表在nature cell biology上论文的图。作者巧妙地把oncomine数据转换成小巧的热图,阐释基因在肠癌中的差异表达。
对于非肿瘤研究,Oncomine平台是无效的。数据是死的,但人是活的,再多的数据库,也代替不了人脑的思考。虽然oncomine平台终止服务了,但是更多的数据平台正雨后春笋般的出现。问渠那得清如许,为有源头活水来。愿果友们用创新的思维,开启数据挖掘的新方法。还是那句话,物以稀为贵!在大趋势昂扬向上的时候,只有在细分领域做到独一无二才能活下来。只有最有效率的模式才能活下来,那些原地踏步的、抓不住重点的、在落后产能里抱团取暖的,最终都会被高效率的模式淘汰。资源最终都是集中在头部的一两个模式里,后面低效的连汤都喝不着。加油!
Oncomine 3.0: Genes, Pathways, and Networks in a Collection of 18,000 Cancer Gene Expression Profiles. Neoplasia. 2007 Feb;9(2):166-80.