最近在基迪奥平台上看到了这张KEGG富集信息图，刚好手头有批现成的转录组数据，刚好绘制一下给富集图换换风格~~
image.png
准备输入文件
平台上的输入文件是直接可以用来出图，这里前期我们需要对结果调整一下~输入文件就只需要富集到的pathway及对应的Count信息，再根据KEGG对应关系将前俩层级的信息merge到一起即可。这里方法有挺多，可以自己写script解析KEGG的pathway层级关系，也有一些R包或者在线网址可获取，动手google。这里我只取每个Pathway1类别中p值从小到大排名前5的作为演示。
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## 加载所需R包
sapply(c('ggplot2','RColorBrewer','tidyverse'), require, character.only = TRUE)
## 读取KEGG富集结果文件
## 取pvalue前5的pathway
kegg_bar <- read.delim('../Data/test_keggBar.txt') %>% group_by(Pathway1) %>%
top_n(n = -5,wt = pvalue) ## 按照pvalue排名前5的pathway
## 取因子排名顺序，后面用到
ft <- unique(kegg_bar$Pathway1)
增添表中信息
## pathway3列中增添pathway的信息，并设置Count为0
kegg_bar %>% distinct(Pathway1,.keep_all = T) %>% mutate(Pathway3 = Pathway1,Count = 0) -> a
## 合并为一起，按照Pathway和Count进行排序，并选取所需列
kegg_bar <- rbind(kegg_bar,a) %>% arrange(Pathway1,Count) %>%
select(Pathway1,Pathway3,Count,pvalue)
##添加一列Label，Count为0 的 标记为空
kegg_bar$Label <- ifelse(kegg_bar$Count == 0," ",kegg_bar$Count)
# 按照之前预设的因子排序
kegg_bar$Pathway1 <- factor(kegg_bar$Pathway1,levels = ft)
kegg_bar <- kegg_bar[order(kegg_bar$Pathway1),]
## 设置因子水平
kegg_bar$Pathway3 <- kegg_bar$Pathway3 %>% factor() %>% fct_inorder() %>% fct_rev()
整理好的表格如下：
Pathway3中第一行为Pathway1大类，数值为0，Label为空。
image.png
作图
p1 <- ggplot(kegg_bar,aes(x = Count,Pathway3,fill = Pathway1))+
geom_col()+
geom_text(aes(label =Label),size = 2.5,hjust = "left",nudge_x = 0.1)+ ## 添加标签
scale_x_continuous(limits = c(0,20.5),expand = expansion(mult = c(0,.1)))+ # 避免文字溢出
labs(x = "Number of Gene",y = "",title = "KEGG pathway anotation")+
scale_fill_brewer(palette = 'Set1')
p1
image.png
主题设置
首先获取其中配色信息，将图中的大类改为黑色，然后设置常规的主题信息即可。
## 复制
p2 <- p1
## 获取配色
g <- ggplot_build(p2)
mycol <- g$data[[1]]["fill"]
col <- rev(mycol$fill)
## 将Aclass对应的颜色改为黑色
num <- rev(kegg_bar$Count)
index <- which(num == 0)
col[index] <- "grey10"
## 自定义主题
my_theme <- theme_bw()+theme(plot.title = element_text(size = rel(1),hjust = 0.2,face = 'bold'),
axis.title = element_text(size = rel(1)),
axis.text.y = element_text(size = rel(0.85),
colour = col,face = 'bold'),
legend.position = "none",
plot.margin = unit(x = c(top.mar = 0.2,
right.mar = 0.2,
left.mar=0.2,
bottom.mar= 0.2),units = 'inches'))
plot <- p2+my_theme1
plot
ggsave('./KEGG_bar.pdf', plot, width = 8, height = 10)
image.png
