一、 功能的实现
APP可以实现完整功能，灵活性强；小程序仅限微信提供的接口功能。小程序低频、非刚需、轻量级、功能单一，高频刚需还是要靠APP，对于一些需要大量计算的功能类和交互体验，小程序是无法满足的。
APP的视觉效果设计得更加人性化和绚丽，能够在交互、视觉等用户体验上满足用户的高要求。如果你想要一个更丰富、更细化、个性化的功能，这都是需要更大容量来实现，那么这就需要在APP上去承载。
二、 开发周期及成本
微信对小程序的安装包大小（2M）、功能等进行了约束，功能只能实现APP的部分核心功能，开发周期相对较短。一个完整的APP平均开发周期需要的时间花费是小程序的2倍，甚至更多。
原生APP的开发涉及到 Android/iOS 多个平台、开发工具、开发语言、不同设备的适配等问题；而小程序只需要开发一个就可以在 Android/iOS 等不同平台不同设备上运行。
原生APP需要在商店上架（Android 需要上架各种商店）提交资料，流程繁琐；小程序只需要提交到微信公众平台审核。
三、运营推广
APP可以无限制的给用户推送消息，但是也会干扰用户的操作，基本上可以实现所有的功能需求。
小程序只能通过模板消息去触达给用户，微信对小程序也有很多限制，很多实用的营销策略在小程序是被禁止的，比如三级分销。
四、小程序与APP的互通
小程序和APP是可以互为补充的，可以相互跳转。APP中分享的资讯或商品给微信好友，微信群，分享内容会以小程序的形式展现，点开后又是对应的小程序页面。
从小程序跳转回APP，微信也是支持的。但是也做了比较多的限制。简单来说就是，只允许从用户分享的小程序卡片，「原路」跳转回APP，而不能从小程序的任意页面返回APP。
一个APP只能最多同时绑定 3 个小程序，每月支持绑定 3 次。同一个小程序可被 500 个移动应用关联。
