emapplot是富集分析可视化的一种，展示有共同基因的通路，详见：//www.greatytc.com/p/c45cc2e3890f

前几天上课时，原本能运行的emapplot发生了报错，我猜这个是版本问题，就去查了一下，发现11月15号,enrichplot刚更新了一下。

1.示例数据

library(clusterProfiler)

## 

## clusterProfiler v3.18.0  For help: https://guangchuangyu.github.io/software/clusterProfiler
## 
## If you use clusterProfiler in published research, please cite:
## Guangchuang Yu, Li-Gen Wang, Yanyan Han, Qing-Yu He. clusterProfiler: an R package for comparing biological themes among gene clusters. OMICS: A Journal of Integrative Biology. 2012, 16(5):284-287.

## 
## Attaching package: 'clusterProfiler'

## The following object is masked from 'package:stats':
## 
##     filter

library(DOSE)

## DOSE v3.16.0  For help: https://guangchuangyu.github.io/software/DOSE
## 
## If you use DOSE in published research, please cite:
## Guangchuang Yu, Li-Gen Wang, Guang-Rong Yan, Qing-Yu He. DOSE: an R/Bioconductor package for Disease Ontology Semantic and Enrichment analysis. Bioinformatics 2015, 31(4):608-609

library(enrichplot)
data(geneList)
de <- names(geneList)[1:100]
x <- enrichDO(de)

2.问题重现

我的版本是1.4.0，画emapplot直接运行emapplot(X)即可

但学员运行时出了错

emapplot(x) 

## Error in has_pairsim(x): Term similarity matrix not available. Please use pairwise_termsim function to deal with the results of enrichment analysis.

经过核实，我问了他的版本是1.10.0，我的版本是1.4.0，因为学员的包都是课前安装的，而我的很早前就安装啦。

3.解决办法

我把clusterprofiler和erichplot都更新到最新版本，查看emapplot的帮助文档，发现y叔写了滴，照搬即可

x2 <- pairwise_termsim(x)
emapplot(x2)

为啥要多加这么一步，俺也不知道，俺也不敢问，反正这是事实，知道怎么解决就行了呗，在非常多编程问题里，“为什么”没啥重要的。