咸丰元年（1851）到宣统三年（1911）的60年，是中国人口从锐减到逐渐恢复的时期。这时期的人口统计严重短缺，严重失实。主要原因是动荡的社会局面，太平天国运动席卷了大半个中国，外国侵略者趁火打劫或发动战争，蚕食中国领土，饥荒、瘟疫随之爆发。
中国的疆域在这一时期大为缩小。19世纪五六十年代，沙俄通过中俄《瑷珲条约》中俄《北京条约》等先后割占中国东北西北140多万平方公里土地，到1911年，我国实际领土面积仅为1820年的87%～1130万平方公里。政区设置也有了变化。清军收复除伊犁之外的新疆全境后，于1884年新疆治省，原来属于甘肃的迪化州和镇西、哈密、吐鲁番三厅划归该省建制。原属于福建的台湾府升至为省，原福建巡抚为台湾巡抚。1907年，东三省罢将军，置东三省总督和三省巡抚，正式改为行省。
大规模的战乱和政区变化直接影响到户部《民数册》的人口统计。每年都有缺报的省区，最多时可达十个。报上来的数字也很不可靠。有多报的，比如湖北和四川。1858年湖北上报人数为3057万人，仅比战前少320万，以后每年平均递增约十万，光绪二十四年已达3472万，甚至比1953年人口普查数还多700万。四川采用在若干年内保持一个固定增长额的办法，到1898年时，已高达8470万，平均每年增100万人，照这样算下去，再过15年，四川省的人口就会高达一个亿，但实际呢？四川在1953年人口普查时只有6230万人。也有少报的，比如湖南、河南。湖南账面上每年净增仅几百人。河南，在1880年后年增长固定值为402或403人。 报上来的失实，没报上来的省份又过多，户部《民数册》的民数合计其实也没有多大实际意义了。这也就是1874年起，《清实录》不再于年末登载全国人口数量的原因。
