人是控制欲很强的生物，所以一直在试图掌握事物发展的规律，并且尝试加以改变。对做面包这件事而言早期阶段是存在很大的偶然性的。因为面团中的微生物对当时的人来说是神秘莫测的。但是随着时代进步，烘焙业也在发展，这个过程中的生物反应也不断地减少，变得更容易控制。人们也努力寻求更容易以掌握，不确定更少，完成时间更短的烘焙过程。
将小麦磨成白面粉是这个过程中的第一关键环节。如果用全谷物面粉做面包会比白面粉复杂许多。白面粉就是在磨粉的过程中去除了胚芽与麦麸，剩下的主要成分是淀粉，不含活细胞。全谷物面粉则含有丰富的酶和挥发油，生物反应就会更旺盛，发酵过程很难掌控，而且更容易腐坏。 上世纪80年代后出现滚筒式碾粉机后白面粉大行其道，加上商业酵母出现，烘焙师对面点处理的掌握开始轻松。
他们可以用单一酵母的菌种来控制烘焙过程。从酿造啤酒中发现的酿酒酵母经历了多代人工选择之后，变成了更适合在面团中产生发酵气体的菌种。因为在培养过程中，喂养了大量的糖类，所以能够迅速产生大量的二氧化碳，迅速产生大量的二氧化碳，对于面团的醒发很有帮助。而且它的生产模式从喂养、清洗、干燥到磨粉，按部就班没有变数所以更适合工业化生产。美中不足的是与野生酵母相比，商业酵母不能在乳酸杆菌创造的酸性环境下长久生存。
1970年美国农业部从旧金山五家烘焙房里采集了酸面团样本进行了一项研究调查。当地天然发酵面包远近闻名，科学家希望从中找到土生土长的微生物，并且解开面包独特风味的奥妙。这一研究结果在1971年被写成了一篇里程碑式的论文《旧金山酸面团法式面包加工过程中的微生物》，研究表明酸面团培养基中的生物化学反应与酿酒酵母直接了当地发酵过成不同，其中会有一些其他酵母以及与未知细菌之间的半共生关系。后来这种酵母被命名为旧金山乳酸菌。
这一研究推动了天然发酵面包制作热潮的复兴，而且将酸面团培养基定性为一种生态系统。在此系统中五花八门的菌种渐渐形成稳定的生态环境，这种关系更多是趋于合作而非竞争。现在科学研究已经发现了20种酵母和50种细菌，它们不仅可以各司其职完成任务，还可以共创一个自然栖息环境。
在制作面包过程中，烘焙师有意无意的行为都会决定某些菌种能够繁衍壮大而有些却不行。如果改变配料比例，调整喂养时间，温度，环境，水量，都会造成不同的结果。在温暖和潮湿的环境中酵母的繁殖会旺盛，做出来的面包会蓬松，孔洞也更多。但如果减少喂养次数，将酸面团放进冰箱，细菌繁殖就会旺盛，产生有机酸增多，面包更有风味。
